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tRNA修飾酵素の新規標的RNAを効率的に同定する技術開発とその応用

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研究課題番号 KAKENHI-PROJECT-22K15035
研究種目 若手研究
研究分野
研究機関 愛媛大学
代表研究者 山上 龍太
研究期間 開始年月日 2022/4/1
研究期間 終了年度 2024
研究ステータス 完了 (2024/4/1)
配分額(合計) 4,680,000 (直接経費 :3,600,000、間接経費 :1,080,000)
配分額(履歴) 2024年度:1,300,000 (直接経費 :1,000,000、間接経費 :300,000)
2023年度:1,690,000 (直接経費 :1,300,000、間接経費 :390,000)
2022年度:1,690,000 (直接経費 :1,300,000、間接経費 :390,000)
キーワード tRNA
RNAシュードウリジン合成酵素
tRNA修飾
次世代DNAシーケンス
構造予測
RNAシュードウリジル化酵素
次世代シーケンス
変異プロファイリング
RNA
RNA修飾酵素
RNAシーケンス

研究成果

[雑誌論文] tRNA pseudouridine synthase D (TruD) from Thermus thermophilus modifies U13 in tRNAAsp tRNAGlu, and tRNA<sup>Gln</sup>and U35 in tRNATyr

Yamagami Ryota、Takahashi Kojiro、Shingu Shogo、Namba Miyu、Kamizaki Kohsuke、Hori Hiroyuki 2025

[雑誌論文] Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami 2024

[雑誌論文] Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA

Matsuda Teppei、Hori Hiroyuki、Yamagami Ryota 2024

[学会発表] Detection of chemical modifications in tRNA using Mutational profiling (MaP)

Ryota Yamagami 2024

[雑誌論文] Functional analysis of tRNA modification enzymes using mutational profiling

Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 2023

[雑誌論文] Application of mutational profiling: New functional analyses reveal the tRNA recognition mechanism of tRNA m1A22 methyltransferase

Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 2023

[学会発表] Rational design of oligonucleotides in template DNA construction for in vitro RNA transcription

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami 2023

[学会発表] ROCKET: a Python tool for enhanced in vitro transcription of short RNAs

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami 2023