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山上 龍太
愛媛大学
2025年4月16日更新
- 職名
- 助教
- 電話
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- 学歴
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- 学位
- 博士(工学) （ 2015年3月 愛媛大学 ）
博士(工学) （ 愛媛大学 ） - 職歴・経歴
- 愛媛大学 大学院理工学研究科 特任講師 2024年4月 - 現在
愛媛大学 大学院理工学研究科 助教 2021年4月 - 2024年3月
日本学術振興会海外特別研究員 (ペンシルバニア州立大学) 2019年4月 - 2021年3月
上原記念生命科学財団海外リサーチフェロー 2017年1月 - 2017年12月
ペンシルバニア州立大学 ポストドクトラルフェロー 2016年4月 - 2021年3月
日本学術振興会特別研究員(PD)(愛媛大学) 2015年4月 - 2016年3月
日本学術振興会特別研究員(DC2) (愛媛大学) 2014年4月 - 2015年3月
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 生物物理学
ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 機能生物化学
2025年4月16日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 生物物理学
ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 機能生物化学 - 担当経験のある授業科目
- 2024年度前期 / 新入生セミナーB
2024年度前期 / 応用化学実験I
2024年度前期 / 応用化学実験Ⅲ
2024年度後期 / 学部共通PBL - 指導経験
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2025年4月16日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 生物物理学
ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 機能生物化学
- 研究テーマ
- リボザイム
Translation
RNA folding
tRNA
RNA
- 著書
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- 論文
- ArcS from Thermococcus kodakarensis transfers L-lysine to preQ0 nucleoside derivatives as minimum substrate RNAs. 査読 国際誌 Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori The Journal of biological chemistry 300 ( 8 ) 107505 - 107505 2024年6月
High-throughput mutational analysis of a methyltransferase ribozyme. Ryota Yamagami, Hina Kubota, Emi Kohno, Hiroyuki Hori Frontiers in RNA Research 2 2024年6月
Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA. 国際誌 Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami RNA (New York, N.Y.) 30 ( 6 ) 710 - 727 2024年5月
Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) requires the correct localization of its methylation site (G18) in the D-loop for efficient methylation. 査読 国際誌 Yoh Kohno, Asako Ito, Aya Okamoto, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori Journal of biochemistry 175 ( 1 ) 43 - 56 2023年12月
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life. 査読 国際誌 McCauley O Meyer, Ryota Yamagami, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua Science advances 9 ( 38 ) eadh5152 - 15 2023年9月
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life. 国際誌 McCauley O Meyer, Ryota Yamagami, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua bioRxiv : the preprint server for biology 2023年2月
Functional analysis of tRNA modification enzymes using mutational profiling. 査読 国際誌 Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori Methods in enzymology 692 69 - 101 2023年
Structure-seq of tRNAs and other short RNAs in droplets and in vivo. 査読 国際誌 McCauley O Meyer, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua, Ryota Yamagami Methods in enzymology 691 81 - 126 2023年
Application of mutational profiling: New functional analyses reveal the tRNA recognition mechanism of tRNA m1A22 methyltransferase. 査読 国際誌 Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori Journal of Biological Chemistry 299 ( 1 ) 102759 - 102759 2022年12月
A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA 査読 国際誌 Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Naoki Shigi, Hiroyuki Hori RNA 2022年11月
Genome-wide analysis of the in vivo tRNA structurome reveals RNA structural and modification dynamics under heat stress. 査読 国際誌 Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Sarah M. Assmann, Philip C. Bevilacqua Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 ( 25 ) e2201237119 2022年6月
Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine-N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex) 査読 国際誌 Yu Nishida, Shiho Ohmori, Risa Kakizono, Kunpei Kawai, Miyu Namba, Kazuki Okada, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori International Journal of Molecular Sciences 23 ( 7 ) 4046 - 4046 2022年4月
Functional Roles of Chelated Magnesium Ions in RNA Folding and Function 査読 Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Philip C. Bevilacqua Biochemistry 60 ( 31 ) 2374 - 2386 2021年8月
Inverse RNA Folding Workflow to Design and Test Ribozymes that Include Pseudoknots. 査読 国際誌 Mohammad Kayedkhordeh*, Ryota Yamagami*, Philip C. Bevilacqua, David H. Mathews Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.) 2167 113 - 143 2021年
Single-nucleotide control of tRNA folding cooperativity under near-cellular conditions. 査読 国際誌 Kathleen A. Leamy*, Ryota Yamagami*, Neela H. Yennawar, Philip C. Bevilacqua Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 ( 46 ) 23075 - 23082 2019年11月
Cellular Concentrations of Nucleotide Diphosphate-Chelated Magnesium Ions Accelerate Catalysis by RNA and DNA Enzymes. 査読 国際誌 Ryota Yamagami, Ruochuan Huang, Philip C. Bevilacqua Biochemistry 58 ( 38 ) 3971 - 3979 2019年9月
Design of highly active double-pseudoknotted ribozymes: a combined computational and experimental study. 査読 国際誌 Ryota Yamagami, Mohammad Kayedkhordeh, David H. Mathews, Philip C. Bevilacqua Nucleic Acids Research 47 ( 1 ) 29 - 42 2019年1月
Transfer RNA Modification Enzymes from Thermophiles and Their Modified Nucleosides in tRNA. 査読 国際誌 Hori H, Kawamura T, Awai T, Ochi A, Yamagami R, Tomikawa C, Hirata A Microorganisms 6 ( 4 ) 2018年10月
Consumption of N5, N10-methylenetetrahydrofolate in Thermus thermophilus under nutrient-poor condition 査読 Yamagami, R., Miyake, R., Fukumoto, A., Nakashima, M., Hori, H. Journal of Biochemistry 164 ( 2 ) 141 - 152 2018年8月
Cellular conditions of weakly chelated magnesium ions strongly promote RNA stability and catalysis 査読 Yamagami, R., Bingaman, J.L., Frankel, E.A., Bevilacqua, P.C. Nature Communications 9 ( 1 ) 2149 2018年6月
Long and branched polyamines are required for maintenance of the ribosome, tRNA(His) and tRNA(Tyr) in Thermus thermophilus cells at high temperatures 査読 Misa Nakashima, Ryota Yamagami, Chie Tomikawa, Yuki Ochi, Toshiyuki Moriya, Haruichi Asahara, Dominique Fourmy, Satoko Yoshizawa, Tairo Oshima, Hiroyuki Hori Genes to Cells 22 ( 7 ) 628 - 645 2017年7月
Folate-/FAD-dependent tRNA methyltransferase from Thermus thermophilus regulates other modifications in tRNA at low temperatures 査読 Ryota Yamagami, Chie Tomikawa, Naoki Shigi, Ai Kazayama, Shin-ichi Asai, Hiroyuki Takuma, Akira Hirata, Dominique Fourmy, Haruichi Asahara, Kimitsuna Watanabe, Satoko Yoshizawa, Hiroyuki Hori Genes to Cells 21 ( 7 ) 740 - 754 2016年7月
Regulation of protein synthesis via the network between modified nucleosides in tRNA and tRNA modification enzymes in Thermus thermophilus, a thermophilic eubacterium. 査読 Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami, Chie Tomikawa Modified Nucleic Acids in Biology and Medicine. 73 - 89 2016年
In vitro dihydrouridine formation by tRNA dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus, an extreme-thermophilic eubacterium 査読 Hiroaki Kusuba, Takeshi Yoshida, Eri Iwasaki, Takako Awai, Ai Kazayama, Akira Hirata, Chie Tomikawa, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori Journal of Biochemistry 158 ( 6 ) 513 - 521 2015年12月
Improved solid-phase DNA probe method for tRNA purification: large-scale preparation and alteration of DNA fixation 査読 Ai Kazayama, Ryota Yamagami, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori Journal of Biochemistry 157 ( 5 ) 411 - 418 2015年5月
The Catalytic Domain of Topological Knot tRNA Methyltransferase (TrmH) Discriminates between Substrate tRNA and Nonsubstrate tRNA via an Induced-fit Process 査読 Anna Ochi, Koki Makabe, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Reiko Sakaguchi, Ya-Ming Hou, Kazunori Watanabe, Osamu Nureki, Kunihiro Kuwajima, Hiroyuki Hori Journal of Biological Chemistry 288 ( 35 ) 25562 - 25574 2013年8月
The tRNA Recognition Mechanism of Folate/FAD-dependent tRNA Methyltransferase (TrmFO) 査読 Ryota Yamagami, Koki Yamashita, Hiroshi Nishimasu, Chie Tomikawa, Anna Ochi, Chikako Iwashita, Akira Hirata, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Hiroyuki Hori Journal of Biological Chemistry 287 ( 51 ) 42480 - 42494 2012年12月
X-ray structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease: insights into the evolution of a novel three-unit composition and a unique loop involved in broad substrate specificity 査読 Akira Hirata, Kosuke Fujishima, Ryota Yamagami, Takuya Kawamura, Jillian F. Banfield, Akio Kanai, Hiroyuki Hori Nucleic Acids Research 40 ( 20 ) 10554 - 10566 2012年11月 - MISC
- 河合塾 みらいぶっく 「試験管内でRNAを進化させ、新しい機能を持ったRNAを創出」 山上龍太 2024年3月
tRNAにおける4-チオウリジンの第3生合成経路【JST機械翻訳】 SUGIO Yuzuru, YAMASAKI Sota, UEDA Junya, ISOGAI Ryo, MATSUMOTO Natsumi, HAYASHI Minoru, YAMAGAMI Ryota, HIRATA Akira, TOMIKAWA Chie, OHNO Satoshi, KAWAMURA Takuya, YOKOGAWA Takashi, HORI Hiroyuki 日本RNA学会年会要旨集 25th 2024年
第3のtRNA4-チオウリジン合成経路をThermoplasma acidophilumは持つ 杉尾譲, 山崎颯太, 上田隼也, 磯貝亮, 松本奈津美, 林実, 山上龍太, 平田章, 冨川千恵, 河村卓哉, 横川隆志, 堀弘幸 日本Archaea研究会講演会要旨集 35th 2023年
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの複製複合体再構成に向けた生化学的評価 内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島茂, 林昌宏, 海老原秀喜, 好井健太朗, 堀弘幸, VASUDEVAN Subhash G, 澤崎達也, 高橋宏隆 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 70th 2023年
コムギ無細胞系を用いたDENVポリプロテインの合成と複製複合体再構成に向けた酵素活性評価 内上祐介, 江村祐希, VASUDEVAN Subhash G., 安部真人, 山上龍太, 堀弘幸, 高橋宏隆, 澤崎達也 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 69th 2022年
トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素(TrmH)の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別 越智杏奈, 真壁幸樹, 山上龍太, 平田章, 坂口怜子, HOU Ya-Ming, 渡辺和則, 濡木理, 桑島邦博, 堀弘幸 日本RNA学会年会要旨集 16th 2014年
葉酸依存性tRNA(m5U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか? 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸, 堀弘幸 日本RNA学会年会要旨集 15th 2013年
サーマス・サーモフィラス由来tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識機構 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸, 堀弘幸 日本RNA学会年会要旨集 14th 2012年
- 総説・解説
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- 講演・発表
- 次世代シーケンスを用いたRNA修飾の検出とその応用 招待 山上龍太 遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」 2024年1月
ROCKET: a Python tool for enhanced in vitro transcription of short RNAs Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023年11月
化学発光を利用したs4U含有RNAの検出法の応用例 Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 第45回日本分子生物学会年会 2022年11月
超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisにおけるtRNAメチル化酵素Trm14の性質の解明 河合 薫平, 野利本 剛, 空 磨奈伽, 山上 龍太, 平田 章, 堀 弘幸 第45回日本分子生物学会年会
コムギ無細胞系を用いたDENVの NS1-NS5ポリプロテインの合成と生化学的評価 内上祐介, 江村祐希, Subhash G. Vasudeva, 安部真人, 山上龍太, 堀弘幸, 高橋宏隆, 澤崎達也 トガ・フラビ・ぺシチ研究会
コムギ無細胞系を用いたDENVのNS1-NS5ポリプロテインの合成と 複製複合体再構成に向けた酵素活性評価 内上祐介, 江村祐希, Subhash G. Vasudev, 安部真人, 山上龍太, 堀弘幸, 高橋宏隆, 澤崎達也 第36回中国四国ウイルス研究会
Nucleotide-level resolution of RNA folding interactions within peptide-based complex coacervates. Meyer. M. O, Yamagami, R, Choi, S, Pir Cakmak, F, Keating, C. D, Bevilacqua, P. C AbGradCon 2021 online 2021年9月
Nucleotide-level resolution of RNA folding interactions within peptide-based complex coacervates. Meyer. M. O, Yamagami, R, Choi, S, Pir Cakmak, F, Keating, C. D, Bevilacqua, P. C Goldschmidt 2021 Virtual 2021年7月
Surprising effects of chelated metal ion on RNA folding R. Yamagami, P. C. Bevilacqua Rustbelt RNA meeting 2016 2016年10月
Prediction of in vivo tRNA Structure; Mutational Profiling and Its Applications 招待 Ryota Yamagami SPEED×Bottom-up Biotech×ELSI joint workshop 2023年7月
Relationship between tRNA methyltransferase and DNA synthesis in Thermophilic bacteria R. Yamagami アーキア研究会2015 2015年7月
The folate-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO) relates to the adaptation at low-temperature environment and regulates methyl group metabolism in Thermus thermophilus Ryota Yamagami, Chie Tomikawa, Naoki Shigi, Ai Kazayama, Shin-ichi Asai, Hiroyuki Takuma, Akira Hirata, Dominique Fourmy, Haruichi Asahara, Kimitsuna Watanabe, Satoko Yoshizawa, Hiroyuki Hori Thermophiles 2015 2015年8月
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの 複製複合体再構成に向けた生化学的評価 内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島 茂, 林 昌宏, 海老原 秀喜, 好井健太朗, 堀 弘幸, Subhash G. Vasudevan, 澤崎達也, 高橋宏隆 第70回日本ウイルス学会学術集会 2023年9月
Regulatory Factors for tRNA modifications in Thermus thermophilus Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami, Kazuo Ishida, Hiroyuki Takuma, Hiroaki Kusuba, Akira Hirata, Anna Ochi, Chikako Iwashita, Chie Tomikawa International Workshop on Neotechnologies for ThermusQ initiative 2023年10月
tRNA(Gm18)メチル化酵素(TrmH)のX線結晶構造とその基質tRNA認識機構 伊藤亜沙子, 山上龍太, 平田 章, 堀 弘幸 第39回日本分子生物学会年会 2016年11月
Rational design of oligonucleotides in template DNA construction for in vitro RNA transcription Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami 24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023年7月
Lysine-transfer reaction by the complex of ArcS and RaSEA for archaeosine biosynthesis in tRNA Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023年7月
Biochemical analyses of Lys transfer reaction by ArcS-RaSEA complex Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 第46回日本分子生物学会年会 2023年12月
Thermus thermophilus 16S rRNAアンチ・シャインダルガーノ配列領域の 2つのシュードウリジン修飾の責任酵素の探索 延岡萌音, 桑名祐輔, 上崎晃輔, 荒川静花, 横川隆志, 竹本千重, 山上龍太, 堀 弘幸 第46回日本分子生物学会年会 2023年12月
High-throughput analysis/screening of methyltransferase ribozymes by mutational profiling Ryota Yamagami, Takumi Wada, Tsuyoshi Morita, Hina Kubota, Hiroyuki Hori The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023年11月
真正細菌Thermus thermophilusのD20形成における、tRNA上の他の修飾ヌクレオチドの関わりは？ 楠葉浩晃, 吉田剛士, 岩崎絵梨, 粟井貴子, 平田 章, 冨川千恵, 風山 愛, 山上龍太, 堀 弘幸 第４回モデル生物丸ごと一匹学会・第１３回丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 2014年9月
Are modified nucleosides in tRNA responsible for D20 formation of Thermus thermophilus? H. Kusuba, T. Yoshida, E. Iwasaki, T. Awai, A. Hirata, C. Tomikawa, A, Kazayama, R. Yamagami, H. Hori 第３７回日本分子生物学会年会 2014年11月
高度好熱菌Thermus thermophilesポリアミン合成系は転写・翻訳系に作用するか 中嶋 美沙, 越智 裕貴, 山上 龍太, 大島 泰郎, 堀 弘幸 第１７回日本RNA学会年会 2015年7月
固相化DNAプローブ法を用いた好熱菌tRNAの大量精製法の確立と新しいDNA固定化法の開発 風山 愛, 山上龍太, 横川隆志, 堀 弘幸 第１５回極限環境生物学会 2014年11月
高度好熱菌Thermus thermophilusにおけるtRNA修飾ネットワーク上から見た葉酸依存性RNAメチル化酵素TrmFOの存在意義 山上龍太, 鴫 直樹, 朝井真一, 渡辺公綱, 堀 弘幸 第１５回極限環境生物学会 2014年11月
Thermus thermophilus transfer-messenger RNAにシュードウリジンは存在するのか？ Kyosuke Fukuda, Naruki Kataoka, Mone Nobeoka, Yusuke Kuwana, Kohsuke Kamizaki, Shizuka Arakawa, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 第46回日本分子生物学会年会 2023年12月
Characterization of tRNA methyltransferase Trm14 from a hyper-thermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis Kumpei Kawai, Go Norimoto, Teppei Matsuda, Sora Manaka, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori 第46回日本分子生物学会年会 2023年12月
Structural insight into the evolution and broad substrate specificity of the fourth type of tRNA splicing endonuclease A. Hirata, K. Fujishima, R. Yamagami, T. Kawamura, J. F. Banfiled, A. Kanai, H. Hori 9th Extremophiles 2012 2012年9月
Transfer RNA recognition mechanism of Thermus thermophilus folate/FAD-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO) R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Tomikawa, A. Ochi, C. Iwashita, A. Hirata, R. Ishitani, O. Nureki, H. Hori 9th Extremophiles 2012 2012年9月
Thermus thermophilus transfer-messenger RNAにおけるシュードウリジン修飾に関する研究 福田 響介, 延岡 萌音, 桑名 祐輔, 上崎 晃輔, 片岡 成希, 山上 龍太, 堀 弘幸 第47回日本分子生物学会年会 2011年11月
極小アーキアにおけるtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの構造機能解析 平田 章, 藤島皓介, 山上龍太, 河村卓哉, J. F. Banfield, 堀 弘幸 第２５回日本アーキア研究会 2012年7月
葉酸依存性tRNA(m5U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか? 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田 章, 石谷隆一郎, 濡木 理, 堀 弘幸 第１５回日本RNA学会年会 2013年7月
Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) recognizes the location of methylation site (G18) in the D-loop for the selection of substrate tRNA Yoh Kohno, Asako Ito, Aya Okamoto, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori 第22回日本RNA学会年会 2021年7月
Research for enzymatic reaction mechanism of FAD/Folate dependent tRNA m5U54 methyltransferase TrmFO Ryota Yamagami, Koki Yamashita, Hiroshi Nishimasu, Chikako Iwashita, Akira Hirata, Osamu Nureki, Hiroyuki Hori International Symposium of Protein Island in Matsuyama 2010 2010年9月
Identification and characterization of tRNA (Cm6) methyltransferae from Thermococcus kodakarensis Teppei Matsuda, Ryota Yamagami, Aoi Ihara, Takeo Suzuki, Akira Hirata, Hiroyuki Hori 29th tRNA Conference 2024年11月
Applying hydrophilic interaction liquid chromatography without ion-pair reagents to mas spectrometric analysis of enzymatically digested RNA fragments Takeo Suzuki, Teppei Matsuda, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 29th tRNA Conference 2024年11月
ArcS, the second step enzyme for the archaeosine synthesis, is an exceptional tRNA-modification enzyme that can act on preQ0-nucleoside derivatives. Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 29th tRNA Conference 2024年11月
Detection of chemical modifications in tRNA using Mutational Profiling (MaP) Ryota Yamagami, Kojiro Takahashi, Shogo Shingu, Miyu Namba, Kohsuke Kamizaki, Hiroyuki Hori 29th tRNA Conference 2024年11月
アーケオシン合成におけるLys転移酵素ArcSのX線結晶構造 生島くるみ, 櫻井 樹, 藤田 柊, 杉尾 譲, 河村卓哉, 山上龍太, 増田太郎, 岡 夏央, 横川隆志, 堀 弘幸, 平田 章 第36回日本Archaea研究会 2024年7月
極小アーキアARMAN-2 tRNAイントロン切断酵素ε₂ EndAの触媒反応機構 宮田侑奈, 藤島浩介, 河村卓哉, 山上龍太, 金井昭夫, 堀 弘幸, 平田 章 第36回日本Archaea研究会 2024年7月
Thermococcus kodakarensis のtRNAの6位を2'-O-メチル化する新規tRNAメチル化酵素の発見 松田哲平, 山上龍太, 鈴木健夫, 平田 章, 堀 弘幸 第36回日本Archaea研究会 2024年7月
アーケオシン合成系第二段階目酵素・ArcSの基質RNA特異性 藤田 柊, 杉尾 譲, 河村卓哉, 山上龍太, 岡 夏央, 平田 章, 横川隆志, 堀 弘幸 第36回日本Archaea研究会 2024年7月
Lysine-transfer reaction by the complex of ArcS and RaSEA for archaeosine biosynthesis in tRNA Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 第25回日本RNA学会年会 2024年6月
フラビウイルス複製複合体の再構成に向けた、活性型ポリプロテインのin vitro合成 高橋 宏隆, 内上 祐介, 山上 龍太, 安部 真人, 紙 圭一郎, 森下 了, 田島 茂, 林 昌宏, 海老原 秀喜, 好井 健太朗, 堀 弘幸, Subhash G. Vasude, 澤崎 達也 第58回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2024年6月
The third biosynthesis pathway of 4-thiouridine in tRNA Yuzuru Sugio, ○Sota Yamasaki, Junya Ueda, Ryo Isogai, Natsumi Matsumoto, Minoru Hayashi, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Chie Tomikawa, Takuya Kawamura, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 第25回日本RNA学会年会 2024年6月
コムギ無細胞系を用いたDENV複製複合体のin vitro再構成に向けたナノディスク技術の活用 内上 祐介, 山上 龍太, 安部 真人, 紙 圭一郎, 森下 了, 田島 茂, 林 昌宏, 好井 健太朗, 堀 弘幸, Subhash G. Vasude, 澤崎 達也, 高橋 宏隆 第71回日本ウイルス学会学術集会 2024年11月
Synthesis of and biochemical evaluation of non-structural polyprotein of Flaviviridae with a wheat cell-free system for reconstitution of the replication complex Hirotaka Takahashi, Yusuke Uchiage, Ryota Yamagami, Masato Abe, Keiichiro Kami, Ryo Morishi, Shigeru Tajim, Chang Kweng Li, Kentaro Yoshii, Hiroyuki Hori, Subhash G. Vasudev, Tatsuya Sawasaki HCV-Flavi2024 2024年9月
A novel tRNA methyltransferase that possesses an unprecedented domain composition catalyzes the 2’-O-methylation at position 6 in tRNA Teppei Matsuda, Ryota Yamagami, Aoi Ihara, Takeo Suzuki, Akira Hirata, Hiroyuki Hori 29th tRNA Conference 2024年11月
Recent Progress of High-Throughput Mutational Analysis for RNA Methylation Ryota Yamagami, Hina Kubota, Emi Kohno, Hiroyuki Hori 第25回日本RNA学会年会 2024年6月
アーキアtRNAメチル化酵素Trm56の動力学的解析 秀髙蒼一郎, 福本修平, 長谷川貴洋, 乙竹真美, 森口静香, 難波実憂, 山上龍太, 河村卓哉, 平田章, 堀弘幸 第46回日本分子生物学会年会 2024年11月
MTSEA-ビオチンによるtRNAのビオチン化反応の最適化 小西楓大, 堀弘幸, 山上龍太 第47回日本分子生物学会年会 2024年11月
tRNA中の4-チオウリジンの第三の合成経路 山﨑 颯太, 杉尾 譲, 上田 隼也, 磯貝 亮, 松本 奈津実, 河村 卓哉, 冨川 千恵, 林, 実, 山上 龍太, 平田 章, 大野 敏, 横川 隆志, 堀 弘幸 第46回日本分子生物学会年会 2024年11月
Thermus thermophilus 16S rRNAアンチ・シャインダルガーノ配列領域の シュードウリジン修飾と責任酵素の探索 延岡萌音, 桑名祐輔, 上崎晃輔, 荒川静花, 林 実, 横川隆志, 竹本千重, 山上龍太, 堀 弘幸 第46回日本分子生物学会年会 2024年11月
tRNA Structure-seq provides accurate tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Sarah M. Assman, Philip C. Bevilacqua 第22回日本RNA学会年会 2021年7月
第3のtRNA 4-チオウリジン合成経路をThermoplasma acidophilumは持つ 杉尾 譲, 山崎颯太, 上田隼也, 磯貝 亮, 松本奈津美, 林 実, 山上龍太, 平田 章, 冨川千恵, 河村卓哉, 横川隆志, 堀 弘幸 第35回日本Archaea研究会 2023年6月
Substrate transfer RNA recognition mechanism of tRNA (m5U54) methyltransferase (TrmFO) based on the biochemical and structural analysis R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Iwashita, A. Hirata, O. Nureki, H. Hori 第２回モデル生物丸ごと一匹学会 2012年9月
大腸菌tRNA (Gm18) メチル化酵素（TrmH）の基質tRNA選択システム 河野 陽, 伊藤亜沙子, 山上龍太, 平田 章, 堀 弘幸 第42回日本分子生物学会年会 2019年12月
極小アーキア(古細菌）における4番目のタイプtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼのX線結晶構造 平田 章, 藤島皓介, 山上龍太, 河村卓哉, Jillina F. Banfield, 金井昭夫, 堀 弘幸 第１３回蛋白質科学会 2013年6月
tRNA Structure-seq Provides Accurate tRNA Structures and Reveals Structural Dynamics under Heat Stress Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Sarah M. Assman, Philip C. Bevilacqua RNA2021 2021年6月
tRNA structure-seq provides accurate in vivo tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Sarah M. Assman, Philip C. Bevilacqua Pacific Basin Societies 2021 2021年12月
tRNA Structure-seq provides accurate tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress RYOTA YAMAGAMI RNAclub at Pennsylvania State University 2021 2021年7月
Mutational Profiling Reveals The tRNA Recognition Mechanism of tRNA m1A Methyltransferase (TrmK) Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 第23回日本RNA学会年会 2022年7月
Detection of 4-thiouridine-containing RNAs using chemiluminescence Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori 第23回日本RNA学会年会 2022年7月
サーマス・サーモフィラス由来葉酸依存性tRNA (m5U54) メチル化酵素の基質認識機構 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 岩下知香子, 平田 章, 濡木 理, 堀 弘幸 第３４回日本分子生物学会年会 2011年9月
Relationship between 5-methyluridine modification at position 54 in tRNA and tRNA modification network in Thermus thermophiles R. Yamagami, N. Shigi, S.-I. Asai, K. Watanabe, H. Hori Thermophiles 2011 2011年9月
Substrate tRNA recognition mechanism of FAD/folate-dependet tRNA m5U54 methyltransferase TrmFO R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Iwashita, A. Hirata, O. Nureki, H. Hori 16th Annual Meeting of RNA Society 2011年6月
トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素（TrmH）の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別 越智杏奈, 真壁幸樹, 山上龍太, 平田 章, 坂口怜子, Ya-Ming Hou, 渡辺和則, 濡木 理, 桑島邦博, 堀 弘幸 第１６回日本RNA学会 2014年7月
How does the folate dependent tRNA (m5U54) methyltransferase (TrmFO) recognize substrate tRNA? R. Yamagami, K. Yamashita, H. Nishimasu, C. Tomikawa, A. Ochi, C. Iwashita, R. Ishitani, O. Nureki, H. Hori 25th tRNA conference 2014年9月
Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine- N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex) Kumpei Kawai, Yu Nishida, Shiho Ohmori, Risa Kakizono, Miyu Namba, Kazuki Okada, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori 第23回日本RNA学会年会 2022年7月
葉酸依存性RNAメチル化酵素TrmFOの遺伝学的解析 山上龍太, 鴫 直樹, 朝井信一, 渡辺公綱, 堀 弘幸 第１６回日本RNA学会 2014年7月
固相化DNAプローブ法を用いたtRNAの大量精製法の確立 風山 愛, 山上龍太, 横川隆志, 堀 弘幸 第１６回日本RNA学会 2014年7月
Synthesis of DENV polyprotein using a wheat cell-free system and evaluation of the enzyme activities for reconstitution of the replication complex Yusuke Uchiage, Yuki Emura, Ryuta Yamagami, Masato Abe, Subhash G. Vasudevan, Hiroyuki Hori, Tatsuya Sawasaki, Hirotaka Takahashi 第69回日本ウイルス学会学術集会 2022年11月
Topological knot tRNA methyltransferase (TrmH) discriminates substrate tRNA from non-substrate tRNA by a multistep recognition mechanism Anna Ochi, Koki Makabe, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Reiko Sakaguchi, Ya-Ming Hou, Kazunori Watanabe, Osamu Nureki, Kunihiro Kuwajima, Hiroyuki Hori 25th tRNA conference 2014年9月
Alteration of solid-phase DNA probe method for large-scale tRNA purification Ai Kazayama, Ryota Yamagami, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 25th tRNA conference 2014年9月
Transfer RNA の構造予測法の開発とその応用 山上龍太, PhilipC.Bevilacqua, 堀 弘幸 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023年5月
ArcS-RaSEA複合体によるリジン転移反応の解析 藤田 柊, 杉尾 譲, 河村卓哉, 山上龍太, 岡 夏央, 平田 章, 横川隆志, 堀 弘幸 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023年5月
tRNA の 6 位を 2’-O-メチル化する新規 tRNA メチル化酵素の発見 松田哲平, 山上龍太, 鈴木健夫, 平田 章, 堀 弘幸 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023年5月
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインNS1-5の複製複合体再構成に向けた生化学的評価 内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島 茂, 林 昌宏, 海老原 秀喜, 好井健太朗, 堀 弘幸, Subhash G. Vasudevan, 澤崎達也, 高橋宏隆 第57回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2023年6月
Alteration of solid-phase DNA probe method for large-scale tRNA purification Ai Kazayama, Ryota Yamagami, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori 第３６回日本分子生物学会年会 2013年12月
サーマス・サーモフィラス由来tRNA メチル化酵素TrmFOの基質認識機構 山上龍太, 山下光輝, 西増 弘志, 冨川 千恵, 越智 杏奈, 岩下 智香子, 平田 章, 石谷隆一郎, 濡木 理, 堀 弘幸 第１４回日本RNA学会年会 2014年7月
X-ray crystal structure of the fourth type of tRNA splicing endonuclease from an uncultivated archaeon Candidatus Micrarchaeum acidiphilum (ARMAN-2) Akira Hirata, Kosuke Fujishima, Ryota Yamagami, Takuya Kawamura, Jillian F. Banfiled, Akio Kanai, Hiroyuki Hori Thermophiles 2013年9月
Does D20 formation by eubacterial dihydrouridine synthase require the other modified nucleotides for its modification in tRNA? 楠葉浩晃, 吉田剛士, 岩崎絵梨, 粟井貴子, 平田 章, 冨川千恵, 山上龍太, 堀 弘幸 第３回モデル生物丸ごと一匹学会年会 2013年9月
大腸菌tRNA(Gm18)メチル化酵素(TrmH)のX線結晶構造とその基質tRNA選択システム 伊藤亜沙子, 山上龍太, 河野 陽, 平田 章, 堀 弘幸 第１９回日本RNA学会年会 2017年7月
葉酸依存性tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識メカニズム解明に向けて 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 岩下知香子, 平田 章, 濡木 理, 堀 弘幸 第３３回日本分子生物学会年会・第８３回日本生化学会大会合同大会（BMB2010） 2010年12月
Thermus thermophilusの長鎖・分岐鎖ポリアミンは、高温環境下でのリボソーム、tRNAHis、tRNATyrの維持に必要である 中嶋美沙, 山上龍太, 冨川千恵, 越智裕貴, 森屋利幸, 朝原治一, Fourmy D, 吉澤聡子, 大島泰郎, 堀 弘幸 日本ポリアミン学会第９回年会 2018年1月
葉酸依存性tRNAU54メチル化酵素TrmFOのin vitroアッセイ法の確立 山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 岩下知香子, 平田 章, 濡木 理, 堀 弘幸 第９回高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携会議 2010年8月
高度好熱菌Thermus thermophilusの長鎖・分岐鎖ポリアミンは主に高温環境下でのリボソームの維持に必要である Misa Nakashima, Ryota Yamagami, Yuki Ochi, Chie Tomikawa, Toshiyuki Moriya, Dominique Fourmy, Satoko Yoshizawa, Tairo Oshima, Hiroyuki Hori 第39回日本分子生物学会年会 2016年12月
Long and branced polyamines are required for maintenance of 70S ribosome, tRNAHis, and tRNATyr in Thermus thermophilus Nakashima, M, Yamagami, R, Tomikawa, C, Ochi, Y, Moriya, T, Asahara, H, Fourmy, D, Yoshizawa, S, Oshima, T, Hori, H 27th tRNA Conference 2018年9月
Successful design of highly active HDV ribozymes by a combined computational and experimental study R. Yamagami, M. Kayedkhordeh, D.H. Mathews, P.C. Bevilacqua RNA 2019 2019年6月
大腸菌tRNA (Gm18) メチル化酵素（TrmH)の基質tRNA選択システム 河野 陽, 伊藤亜沙子, 山上龍太, 平田 章, 堀 弘幸 第20回日本RNA学会年会 2018年7月
高度好熱菌の長鎖・分岐鎖ポリアミンは、高温環境下でのリボソーム、tRNAHis、tRNATyrの維持に必要である 中嶋美沙, 山上龍太, 冨川千恵, 越智裕貴, 森屋利幸, 朝原治一, Dominique Fourmy, 吉澤聡子, 大島泰郎, 堀 弘幸 第20回日本RNA学会年会 2018年7月
Cellular conditions of chelated magnesium promote RNA folding and functions. RYOTA YAMAGAMI RNAclub at Pennsylvania State University 2019 2019年11月
Effects of cellular concentrations of nucleotide diphosphate-chelated Mg2+ on RNA and DNA enzymes Ruochuan Huang, Ryota Yamagami, Philip C. Bevilacqua Rustbelt RNA meeting 2019 2019年10月
Cellular conditions of chelated magnesium promote RNA folding and functions RYOTA YAMAGAMI Chembio seminar 2019 2019年11月
The long and branched polyamines of Thermus thermophilus, an extremely thermophilic eubacterium, are required for maintenance of ribosome at high temperatures Misa Nakashima, Ryota Yamagami, Yuki Ochi, Chie Tomikawa, Toshiyuki Moriya, Dominique Fourmy, Satoko Yoshizawa, Tairo Oshima, Hiroyuki Hori Extremophiles 2016 2016年9月
- 研究会・報告書
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 特許
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 作品
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 補助金・競争的資金
- tRNAの質的な分析を可能にする定量的tRNA修飾シーケンス技術の開発 2025年4月 - 2027年3月 公益財団法人 中谷財団 奨励研究助成
tRNA修飾ネットワークによるtRNAの修飾制御機構の解明 2025年1月 - 2026年4月 公益財団法人 上原記念生命科学財団 研究奨励金 研究奨励金
細胞内RNAの存在量は、細胞種特異的に制御されているが、その制御機構は未解明である。本研究では、tRNAの質的変動を検出する手法を開発し、tRNA発現量の制御機構を明らかにする。 2024年12月 - 2026年9月 公益財団法人 内藤記念科学振興財団 2024年度 内藤記念科学奨励金・研究助成
tRNA修飾ヌクレオシドの定量を可能とする新規tRNAシーケンス法の開発とその応用 2024年11月 - 2026年11月 公益財団法人 住友財団 基礎科学研究助成
これまでにないドメイン構成やサブユニットをもつアーキアtRNA修飾酵素の研究 2024年4月 - 2027年3月 日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 堀 弘幸, 山上 龍太
これまでにないドメイン構成をもつ新規RNAメチル化酵素（TrmTS）による tRNAの安定性制御機構の解明 2024年4月 - 2026年3月 公益財団法人 発酵研究所 一般研究助成
RNAの構造によるエピトランスクリプトーム制御機構の解明 2024年4月 - 2025年3月 公益財団法人 野口研究所 2023年度 野口遵研究助成金
細胞癌化に伴う細胞内tRNAの質的変動解析と診断マーカーへの応用 2023年12月 - 2025年3月 公益財団法人 テルモ生命科学振興財団 研究開発助成
核酸触媒を利用した金属イオンセンサーの開発 2023年10月 - 2024年9月 公益財団法人 戸部眞紀財団 研究助成
ストレス応答に伴う細胞内tRNAの質的変動を新たな手法で解明する 2023年8月 - 2028年3月 公益財団法人 武田科学振興財団 ライフサイエンス研究助成
tRNA修飾酵素の新規標的RNAを効率的に同定する技術開発とその応用 2022年4月 - 2025年3月 日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究 若手研究 山上 龍太
細胞内で機能する新規核酸触媒の開発 2021年10月 - 2024年3月 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業ACT-X
変異プロファイリングを用いたtRNA-RNA修飾酵素の相互作用解析法の開発 2021年10月 - 2022年3月 愛媛大学 研究活性化事業スタートアップ支援 愛媛大学 研究活性化事業スタートアップ支援
核酸触媒を安全に細胞内で機能させるシステムの開発 2021年9月 - 2023年8月 公益財団法人 日揮・実吉奨学会 研究助成
変異プロファイリング法を用いたRNA-タンパク質相互作用解析法の開発 2021年8月 - 2023年3月 日本学術振興会 科学研究費助成事業 研究活動スタート支援 研究活動スタート支援 山上 龍太
細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用 2019年4月 - 2021年3月 日本学術振興会 海外特別研究員
細胞内RNAフォールディング機構の解明 2017年1月 - 2017年12月 上原記念生命科学財団 リサーチフェローシップ
葉酸依存性メチル化酵素群の機能と生理的意義の解明 2014年4月 - 2016年3月 日本学術振興会 特別研究員奨励費 山上 龍太
- その他
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2025年4月16日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 生物物理学
ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 機能生物化学 - 所属学会・所属協会
- RNA society 2019年 - 現在
日本RNA学会
日本分子生物学会 - 委員歴・役員歴
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 受賞
- 第64回日本生化学会中国四国支部例会 若手優秀発表賞 2023年5月 日本生化学会中国四国支部 Transfer RNAの構造予測法の開発とその応用 山上龍太
愛媛大学生物科学奨励賞 2022年11月 愛媛大学 山上 龍太
RNA2021 NSF Award 2021年6月 RNA Society Ryota Yamagami
RNA2019 Travel award 2019年6月 RNA Society Ryota Yamagami
海外留学助成リサーチフェローシップ 2017年1月 公益財団法人 上原記念生命科学財団 細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用 山上 龍太
那須奨学賞 2013年4月 山上 龍太 - 活動
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2025年4月13日更新
2025年4月12日更新
Ｊグローバル
- Jグローバル最終確認日
- 2025/4/12 01:12
- 氏名（漢字）
- 山上 龍太
- 氏名（フリガナ）
- ヤマガミ リョウタ
- 氏名（英字）
- Yamagami Ryota
- 所属機関
- 愛媛大学 特任講師
リサーチマップ
- researchmap最終確認日
- 2025/4/13 01:43
- 氏名（漢字）
- 山上 龍太
- 氏名（フリガナ）
- ヤマガミ リョウタ
- 氏名（英字）
- Yamagami Ryota
- プロフィール
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- 登録日時
- 2016/8/6 22:42
- 更新日時
- 2025/4/10 08:47
- アバター画像URI
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- ハンドル
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- eメール
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- eメール（その他）
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- 携帯メール
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- 性別
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- 没年月日
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- 所属ID
- 0352000000
- 所属
- 愛媛大学
- 部署
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- 職名
- 特任講師
- 学位
- 博士(工学)
- 学位授与機関
- 愛媛大学
- URL
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- 科研費研究者番号
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- Google Analytics ID
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- ORCID ID
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- その他の所属ID
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- その他の所属名
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- その他の所属 部署
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- その他の所属 職名
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- 最近のエントリー
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- Read会員ID
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- 経歴
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- 受賞
- Misc
- 論文
- 講演・口頭発表等
- 書籍等出版物
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- 研究キーワード
- 研究分野
- 所属学協会
- 担当経験のある科目
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- その他
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- Works
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- 特許
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- 学歴
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- 委員歴
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- 社会貢献活動
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2025年4月12日更新
- 研究者番号
- 70767227
- 所属（現在）
- 2025/4/1 : 愛媛大学, 理工学研究科(工学系), 講師
- 所属（過去の研究課題
情報に基づく）*注記 - 2021/4/1 – 2024/4/1 : 愛媛大学, 理工学研究科(工学系), 助教
- 審査区分/研究分野
-
研究代表者
0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
小区分43010:分子生物学関連研究代表者以外
小区分43030:機能生物化学関連
- キーワード
-
研究代表者
RNA / tRNA / tRNA修飾 / tRNA修飾酵素 / 網羅解析 / 変異プロファイリング法 / RNAメチル化酵素 / 次世代シーケンス / 変異プロファイリング / RNAシーケンス / 核酸関連タンパク質 / RNAシュードウリジル化酵素 / RNA修飾酵素
研究代表者以外
酵素 / タンパク質 / 核酸
研究課題
研究成果
共同研究者
注目研究はありません。