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DNAメチル化とH3K9me3の確立と維持の構造基盤

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研究課題番号 KAKENHI-PLANNED-19H05741
研究種目 新学術領域研究(研究領域提案型)
研究分野
研究機関 横浜市立大学
代表研究者 有田 恭平
研究期間 開始年月日 2019/4/1
研究期間 終了年度 2023
研究ステータス 完了 (2023/4/1)
配分額(合計) 80,600,000 (直接経費 :62,000,000、間接経費 :18,600,000)
配分額(履歴) 2023年度:13,130,000 (直接経費 :10,100,000、間接経費 :3,030,000)
2022年度:14,950,000 (直接経費 :11,500,000、間接経費 :3,450,000)
2021年度:16,770,000 (直接経費 :12,900,000、間接経費 :3,870,000)
2020年度:13,130,000 (直接経費 :10,100,000、間接経費 :3,030,000)
2019年度:22,620,000 (直接経費 :17,400,000、間接経費 :5,220,000)
キーワード 構造生物学
DNA維持メチル化
UHRF1
DNMT1
DPPA3
非ゲノム情報複製
cryo-EM
X線結晶構造解析
Cryo-EM
非ゲノム情報
DNAメチル化
ヒストン修飾
ユビキチン化
クライオ電子顕微鏡
DNA複製
クロマチン

研究成果

[雑誌論文] Cryo-electron microscopy reveals the impact of the nucleosome dynamics on transcription activity

Arita Kyohei 2024

[雑誌論文] Cooperative DNA-binding activities of Chp2 are critical for its function in heterochromatin assembly

Rahayu Anisa Fitri、Hayashi Aki、Yoshimura Yuriko、Nakagawa Reiko、Arita Kyohei、Nakayama Jun-ichi 2023

[学会発表] Structural basis for activation mechanism of DNMT1

Kyohei Arita 2023

[学会発表] 大腸菌内ユビキチン化システムによる活性型 SETDB1 の調製と評価

舩生 智子、小野田 浩宜、山形 敦史、有田 恭平 2022

[学会発表] USP7によるユビキチン化ヒストンH3の脱ユビキチン化機構の解明

吉見 早恵 小野田 浩宜 加藤 修衣 山形 敦史 有田 恭平 2022

[学会発表] DNMT1:ユビキチン化H3:DNA複合体構造によるDNA維持メチル化の活性化機構の解明

菊地杏美香, 小野田浩宜, 山口幸佑, 郡聡実, 山形敦史, Defossez Pierre-Antoine, 有田恭平 2022

[学会発表] グアニン四重鎖によるDNMT1の活性阻害機構の解明

菊地杏美香, 小野田浩宜, 山形敦史, 有田恭平 2022

[学会発表] Structural basis for activation of DNA methyltransferase.

有田恭平 2022

[学会発表] DNA維持メチル化関連タンパク質の活性・クロマチン局在制御の構造基盤

有田恭平 2022

[学会発表] UHRF1によるマルチモノユビキチン化機構の構造生物学的研究

蛭田 萌理, 松澤 舜, 敷町 怜愛, 有田 恭平 2022

[学会発表] ユビキチン化によるSETDB1の酵素活性化機構の解明

舩生 智子、山形 敦史、有田 恭平 2022

[学会発表] エピジェネティック修飾ヌクレオソームに対するUHRF1の相互作用様式の検証

敷町 怜愛, 松澤 舜, 蛭田萌里, 小野田 浩宜, 山形敦史, 有田 恭平 2022

[学会発表] DPPA3によるUHRF1のクロマチン局在阻害の構造基盤

有田恭平 2022

[学会発表] 計算科学と構造生物学を組み合わせたスクリーニングによるDNAメチル化制御薬の開発

郡聡実, 柴橋佑希, 浴本亨, 西山敦哉, 吉見早恵, 長門石暁, 大田雅照, 津本浩平, 中西真, 池口満徳, 有田恭平 2021

[学会発表] 構造生物学から見たDNAメチル化が複製されていく仕組み

有田恭平 2021

[学会発表] Development of UHRF1 inhibitor based on the structural study of the recognition of methylated DNA ligase 1 by UHRF1

Satomi Kori, Yuki Shibahashi, Toru Ekimoto, Atsuya Nishiyama, Sae Yoshimi, Satoru Nagatoishi, Masateru Ohta, Kouhei Tsumoto, Mitsunori Ikeguchi, and Kyohei Arita 2021

[学会発表] マルチモノユビキチン化機構の解明に向けたエピジェネティック修飾ヌクレオソームの調製

敷町怜愛, 松澤舜, 小野田浩宜, 有田恭平 2021

[学会発表] USP7によるユビキチン化ヒストンH3の脱ユビキチン化機構の解明

吉見早恵, 小野田浩宜, 山形敦史, 有田恭平 2021

[学会発表] DNAメチル化を制御する薬剤の開発:構造生物学と計算科学を組み合わせた維持メチル化因子UHRF1の機能阻害剤の探索

郡聡実, 柴橋佑希, 浴本亨, 西山敦哉, 吉見早恵 ,長門石暁, 大田雅照, 津本浩平, 中西真, 池口満徳, 有田恭平 2021

[学会発表] ユビキチン化依存的なSETDB1の酵素活性化機構解明に向けた、大腸菌内ユビキチン化システムの構築とその評価

舩生智子, 金丸由桂, 有田恭平 2021

[学会発表] DNAメチル化制御薬の開発:維持メチル化因子UHRF1の機能阻害剤のリード化合物の同定

郡聡実, 柴橋佑希, 浴本亨, 西山敦哉, 吉見早恵, 長門石暁, 大田雅照, 津本浩平, 中西真, 池口満徳, 有田恭平 2021

[学会発表] 母性因子Stellaと維持メチル化因子UHRF1のNMRを用いた相互作用解析

畑圭一, 小沼剛, 杉村奎汰, 西山敦哉, 林剛介, 池上貴久, 中西真, 有田恭平 2021

[学会発表] G-quadruplex構造によるDNMT1の活性阻害機構の解明

菊地杏美香, 小野田浩宜, 山形敦史, 有田恭平 2021

[学会発表] Structural basis for the switching of binding partners by Ser298 phosphorylation in UHRF1

Satomi Kori, Tomohiro Jimenji, Toru Ekimoto, Miwa Sato, Fumie Kusano, Takashi Oda, Motoko Unoki, Mitsunori Ikeguchi, Kyohei Arita 2020

[学会発表] The proper timing phosphorylation of Ser298 selects UHRF1-binding partners

Satomi Kori, Tomohiro Jimenji, Toru Ekimoto, Laure Ferry, Shohei Matano, Miwa Sato, Fumie Kusano, Motoko Unoki, Pierre-Antoine Defossez, Mitsunori Ikeguchi, Kyohei Arita 2020

[学会発表] Structural basis for recognition of DNMT1 PIP box by PCNA

Tomohiro Jimenji, Satomi Kori, Kyohei Arita 2019

[学会発表] Crystal structure of UHRF1:LIG1 complex revealed structural change of UHRF1 and the key residues for high affinity binding

Satomi Kori, Laure Ferry, Shohei Matano, Noriyuki Kodera, Takashi Oda, Pierre-Antoine Defossez,Kyohei Arita 2019

[学会発表] Structural Study for Recognition of Ubiquitylated Histone H3 by DNA Methyltransferase

Arita Kyohei, Ishiyama Satoshi, Nishiyama, Atsuya, Defossez, Pierre-Antoine, Nakanishi, Makoto 2019

[学会発表] UHRF1によるヒストンH3のマルチプルモノユビキチン化機構

松澤舜, 若月誠, 柴野歩実, 郡聡実, 古川亜矢子, 西村善文, 西山敦哉, 中西真, 有田恭平 2019

[学会発表] Conserved phosphorylation in UHRF1-binding partners regulates its binding to the peptide binding groove of UHRF1 TTD domain

Satomi Kori, Laure Ferry, Shohei Matano, Tomohiro Jimenji, Toru Ekimoti, Takashi Oda, Pierre-Antoine Defossez, Mitsunori Ikeguchi, Kyohei Arita 2019

[学会発表] 複製因子PAF15のマルチプルモノユビキチン化シグナル形成機構

柴野歩実, 松澤舜, 郡聡実, 西山敦哉, 中西真, 有田恭平 2019