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市村 垂生
徳島大学
2026年8月7日更新
- 職名
- 教授
- 電話
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- 電子メール
- taro.ichimura@tokushima-u.ac.jp
- 学歴
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- 学位
- 博士 / 博士(工学) (工学研究科) (2004年3月)
- 職歴・経歴
- 2026/3: 徳島大学 教授, フォトニクス健康フロンティア研究院
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス (Life sciences) [生物物理学 (Biophysics)]
2026年8月7日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス (Life sciences) [生物物理学 (Biophysics)]
- 担当経験のある授業科目
- AI応用 (学部)
光応用工学実験2 (学部)
光情報処理 (学部) - 指導経験
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2026年8月7日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス (Life sciences) [生物物理学 (Biophysics)]
- 研究テーマ
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- 著書
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- 論文
- Fumiya Kozawa, Tomokazu Tamura, Naoki Takahashi, Taishi Kakizuka, Taro Ichimura, Rumi Shimada, Yasuyuki Hashimoto, Hironoshin Onizuska, Sayaka Kashiwagi, Tomoko Kamasaki, Maho Amano, Takeharu Nagai, Takasuke Fukuhara, Yoichiro Fujioka and Yusuke Ohba :
The crucial role of intercellular calcium wave propagation triggered by influenza A virus in promoting infection,
Cell Communication & Signaling, 23, 1, 361, 2025.- (要約)
- Influenza A viruses (IAVs) initially infect a few host cells before spreading to neighboring cells. However, the molecular mechanisms underlying this dissemination remain unclear. We have previously demonstrated that intracellular Ca2+ plays a crucial role in facilitating IAV infection. This study aims to clarify the connections between intracellular Ca2+ dynamics and spread of IAV infection. Madin-Darby canine kidney (MDCK) cells stably expressing a Ca2+ indicator for optical imaging were established. Cells were cultured in Matrigel to form monolayers, and cell-to-cell Ca2+ dynamics within IAV-infected cells were analyzed using fluorescence microscopy. IAV infection upregulated the frequency of intercellular calcium wave propagations (iCWPs), facilitating viral spread. ADP released from initially infected cells mediated iCWPs via the P2Y1 receptor. P2Y1 antagonist suppressed both the generation of iCWPs and spread of viral infection. Enhanced endocytosis by the surrounding cells that received ADP signaling upregulated viral entry. Expression of IAV matrix protein 2 (M2) in initially infected cells triggered iCWPs through ADP diffusion, thereby increasing infection. Conversely, an ion permeability-deficient mutation of M2 or inhibition of its ion channel activity suppressed iCWPs. Intercellular calcium signaling plays a crucial role in the early expansion and establishment of IAV infection, presenting a potential target for IAV prophylaxis.
- (キーワード)
- Calcium imaging / Influenza A virus / Intercellular calcium wave propagation / P2Y1 antagonist
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.1186/s12964-025-02357-y
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 40753252
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-105012460019
(DOI: 10.1186/s12964-025-02357-y, PubMed: 40753252, Elsevier: Scopus) Taishi Kakizuka, Hidenori Nakaoka, Yusuke Hara, Aya Ichiraku, Yoshiyuki Arai, Hiroya Itoga, Shuichi Onami, Taro Ichimura, Takeharu Nagai and Kazuki Horikawa :
Mesoscale heterogeneity is a critical determinant for spiral pattern formation in developing social amoeba,
Scientific Reports, 15, 1, 1422, 2025.- (要約)
- Heterogeneity is a critical determinant for multicellular pattern formation. Although the importance of microscale and macroscale heterogeneity at the single-cell and whole-system levels, respectively, has been well accepted, the presence and functions of mesoscale heterogeneity, such as cell clusters with distinct properties, have been poorly recognized. We investigated the biological importance of mesoscale heterogeneity in signal-relaying abilities (excitability) in the self-organization of spiral waves of intercellular communications by studying the self-organized pattern formation in a population of Dictyostelium discoideum cells, a classical signal-relaying system model. By utilizing pulse-count analysis to evaluate cellular excitability, we successfully visualized the development of mesoscale heterogeneity in excitability, whose spatial scale was comparably large to that of the traveling waves of intercellular communication. Together with perturbation experiments, our detailed analysis of the structural change in mesoscale heterogeneity and associated wave dynamics demonstrated the functional importance of mesoscale heterogeneity in generating the spiral wave pattern, whose experimental observations were first realized. We propose that mesoscale heterogeneity, in addition to microscale and macroscale heterogeneities, is a critical determinant of diverse multicellular pattern formations.
- (キーワード)
- Dictyostelium / Cell Communication / Models, Biological / Signal Transduction
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.1038/s41598-025-85759-9
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 39789232
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-85214891989
(DOI: 10.1038/s41598-025-85759-9, PubMed: 39789232, Elsevier: Scopus) Takayuki Haruki, Shota Yonezawa, Keiichi Koizumi, Yasuhiko Yoshida, M. Tomonobu Watanabe, Hideaki Fujita, Yusuke Oshima, Makito Oku, Akinori Taketani, Moe Yamazaki, Taro Ichimura, Makoto Kadowaki, Isao Kitajima and Shigeru Saito :
Application of the Dynamical Network Biomarker Theory to Raman Spectra,
Biomolecules, 12, 12, 2022.- (要約)
- The dynamical network biomarker (DNB) theory detects the early warning signals of state transitions utilizing fluctuations in and correlations between variables in complex systems. Although the DNB theory has been applied to gene expression in several diseases, destructive testing by microarrays is a critical issue. Therefore, other biological information obtained by non-destructive testing is desirable; one such piece of information is Raman spectra measured by Raman spectroscopy. Raman spectroscopy is a powerful tool in life sciences and many other fields that enable the label-free non-invasive imaging of live cells and tissues along with detailed molecular fingerprints. Naïve and activated T cells have recently been successfully distinguished from each other using Raman spectroscopy without labeling. In the present study, we applied the DNB theory to Raman spectra of T cell activation as a model case. The dataset consisted of Raman spectra of the T cell activation process observed at 0 (naïve T cells), 2, 6, 12, 24 and 48 h (fully activated T cells). In the DNB analysis, the F-test and hierarchical clustering were used to detect the transition state and identify DNB Raman shifts. We successfully detected the transition state at 6 h and related DNB Raman shifts during the T cell activation process. The present results suggest novel applications of the DNB theory to Raman spectra ranging from fundamental research on cellular mechanisms to clinical examinations.
- (キーワード)
- dynamical network biomarker (DNB) theory / Raman spectra / Raman spectroscopy / T cell activation / transition state
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.3390/biom12121730
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 36551158
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-85144581667
(DOI: 10.3390/biom12121730, PubMed: 36551158, Elsevier: Scopus) Taro Ichimura, T. Kakizuka, Kazuki Horikawa, K. Seiriki, A. Kasai, H. Hashimoto, K. Fujita, M. T. Watanabe and T. Nagai :
Exploring rare cellular activity in more than one million cells by a transscale scope,
Scientific Reports, 11, 1, 16539, 2021.- (要約)
- In many phenomena of biological systems, not a majority, but a minority of cells act on the entire multicellular system causing drastic changes in the system properties. To understand the mechanisms underlying such phenomena, it is essential to observe the spatiotemporal dynamics of a huge population of cells at sub-cellular resolution, which is difficult with conventional tools such as microscopy and flow cytometry. Here, we describe an imaging system named AMATERAS that enables optical imaging with an over-one-centimeter field-of-view and a-few-micrometer spatial resolution. This trans-scale-scope has a simple configuration, composed of a low-power lens for machine vision and a hundred-megapixel image sensor. We demonstrated its high cell-throughput, capable of simultaneously observing more than one million cells. We applied it to dynamic imaging of calcium ions in HeLa cells and cyclic-adenosine-monophosphate in Dictyostelium discoideum, and successfully detected less than 0.01% of rare cells and observed multicellular events induced by these cells.
- (キーワード)
- Animals / Brain / Calcium / Cells / Cyclic AMP / Dictyostelium / Dogs / Entosis / Epithelial Cells / Equipment Design / Green Fluorescent Proteins / HeLa Cells / Humans / Interneurons / Luminescent Proteins / Madin Darby Canine Kidney Cells / Mice / Microscopy, Fluorescence / Neurons / Semiconductors / Red Fluorescent Protein
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.1038/s41598-021-95930-7
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 34400683
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-85112695324
(DOI: 10.1038/s41598-021-95930-7, PubMed: 34400683, Elsevier: Scopus) Gracy Brit David, Hideaki Fujita, Kyota Yasuda, Kazuko Okamoto, Yulia Panina, Junya Ichinose, Osamu Sato, Masanobu Horie, Taro Ichimura, Yasushi Okada and M. Tomonobu Watanabe :
Linking substrate and nucleus via actin cytoskeleton in pluripotency maintenance of mouse embryonic stem cells,
Stem Cell Research, 41, 101614, 2019.- (要約)
- Pluripotency of mouse embryonic stem cells is regulated by transcription factor regulatory networks as well as mechanical stimuli sensed by the cells. It has been unclear how the mechanical strain applied to the plasma membrane is transferred to the nucleus in mouse embryonic stem cells (mESCs). We here investigated the machinery of the mechanotransduction based on the finding that spontaneous differentiation of mESCs was inhibited with the downregulation of ROCK2 in cells attached to soft substrates. On examining the effects of actin bindings to both focal adhesions and cell junctions in cells on soft substrates, co-localization of actin filaments and α-catenin, which links actin to E-cadherin, decreased after differentiation induction. Also, disrupting actin-nucleus mechanical link through dominant negative assay of Nesprins helps to sustain the pluripotency genes; thus, revealing that mechanical strain relayed by actin-Nesprin connection is required for the initiation of the differentiation process.
- (キーワード)
- Embryonic stem cells / Nesprin / Stem cell pluripotency
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.1016/j.scr.2019.101614
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 31715427
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-85074509528
(DOI: 10.1016/j.scr.2019.101614, PubMed: 31715427, Elsevier: Scopus) - MISC
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- 総説・解説
- Taro Ichimura, Taishi Kakizuka, Yuki Sato, Yoichiro Fujioka, Yusuke Ohba, Kazuki Horikawa and Takeharu Nagai :
Strength in numbers: Unleashing the potential of trans-scale scope AMATERAS for massive cell quantification,
Biophysics and Physicobiology, 21, Jan. 2024.- (キーワード)
- cell statistics / centimeter field-of-view / fluorescence imaging / rare cell detection / trans-scale imaging
- (出版サイトへのリンク)
- ● Publication site (DOI): 10.2142/biophysico.bppb-v21.s017
- (文献検索サイトへのリンク)
- ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-85195459754
(DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v21.s017, Elsevier: Scopus) - 講演・発表
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- 研究会・報告書
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- 特許
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- 作品
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- 補助金・競争的資金
- 観察・解析・操作を統合したアクティブイメージングによる多細胞系の因果理解 (研究課題/領域番号: 26K01978 )
多細胞集団に生じる多階層秩序形成過程の記述とデータ駆動型ワークフローの確立 (研究課題/領域番号: 25H01479 )
ウイルスが感染時に共通して利用する宿主細胞側マシナリーの同定 (研究課題/領域番号: 24K02255 )
多細胞システムの運命を左右する稀少細胞の検出とオミクス解析 (研究課題/領域番号: 23K18115 )
大視野3次元蛍光イメージング法の開発 (研究課題/領域番号: 23H04135 )
組織内全細胞観察を目的とした三次元ライブイメージング法の開発 (研究課題/領域番号: 21H05590 )
培養細胞シート内の全細胞解析を目的とした超広視野三次元蛍光イメージング (研究課題/領域番号: 21H01843 )
細胞の「硬さ」を非接触計測するブリルアン散乱イメージング (研究課題/領域番号: 18H04749 )
分子ポラリティを可視化する干渉非線形散乱イメージング法の開発 (研究課題/領域番号: 16H01439 )
広視野高速３Ｄ分子マッピングのためのスナップショットラマン分光顕微鏡の開発 (研究課題/領域番号: 16K14717 )
個々の要素分子の動態を同時計測して生体分子システムの動作原理を探る (研究課題/領域番号: 26840057 )
細胞内ナノ空間の分子ダイナミクス計測技術の開発 (研究課題/領域番号: 24770160 )
細胞内分子数を定数解析するデバイスの開発－少数生体分子の計数化技術－ (研究課題/領域番号: 23115002 )
研究者番号（50600748）による検索
- その他
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2026年8月7日更新
- 専門分野・研究分野
- ライフサイエンス (Life sciences) [生物物理学 (Biophysics)]
- 所属学会・所属協会
- 日本生物物理学会
日本光学会
応用物理学会 - 委員歴・役員歴
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 受賞
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 活動
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2026年8月2日更新
2026年8月1日更新
Ｊグローバル
- Jグローバル最終確認日
- 2026/8/1 01:03
- 氏名（漢字）
- 市村 垂生
- 氏名（フリガナ）
- イチムラ タロウ
- 氏名（英字）
- Ichimura Taro
- 所属機関
- 徳島大学 教授
リサーチマップ
- researchmap最終確認日
- 2026/8/2 01:07
- 氏名（漢字）
- 市村 垂生
- 氏名（フリガナ）
- イチムラ タロウ
- 氏名（英字）
- Ichimura Taro
- プロフィール
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- 登録日時
- 2014/4/1 16:03
- 更新日時
- 2026/5/21 11:53
- アバター画像URI
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- ハンドル
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- eメール
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- eメール（その他）
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- 携帯メール
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- 性別
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- 没年月日
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- 所属ID
- 0344000000
- 所属
- 徳島大学
- 部署
- フォトニクス健康フロンティア研究院
- 職名
- 教授
- 学位
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- 学位授与機関
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- URL
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- 科研費研究者番号
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- Google Analytics ID
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- ORCID ID
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- その他の所属ID
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- その他の所属名
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属 部署
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属 職名
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 最近のエントリー
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- Read会員ID
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 経歴
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 受賞
- Misc
- 論文
- 講演・口頭発表等
- 書籍等出版物
- 研究キーワード
- 研究分野
- 所属学協会
- 担当経験のある科目
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- その他
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- Works
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- 特許
- 学歴
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- 委員歴
- 社会貢献活動
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
2026年8月1日更新
- 研究者番号
- 50600748
- 所属（現在）
- 2026/4/1 : 徳島大学, フォトニクス健康フロンティア研究院, 教授
- 所属（過去の研究課題
情報に基づく）*注記 - 2026/4/1 : 徳島大学, フォトニクス健康フロンティア研究院, 教授
2021/4/1 – 2025/4/1 : 大阪大学, 先導的学際研究機構, 特任准教授(常勤)
2018/4/1 – 2019/4/1 : 大阪大学, 先導的学際研究機構, 特任准教授(常勤)
2016/4/1 – 2017/4/1 : 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 上級研究員
2015/4/1 : 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員
2013/4/1 – 2014/4/1 : 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員
2012/4/1 : 独立行政法人理化学研究所, その他部局等, 研究員
2012/4/1 : 独立行政法人理化学研究所, 先端バイオイメージング研究チーム, 研究員
2011/4/1 : 理化学研究所, 先端バイオイメージング研究チーム, チームリーダー
- 審査区分/研究分野
-
研究代表者
生物系 / 生物学 / 生物科学 / 生物物理学
生物系
学術変革領域研究区分(Ⅱ)
小区分30020:光工学および光量子科学関連
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
小区分43040:生物物理学関連研究代表者以外
生物系
小区分49030:実験病理学関連
- キーワード
-
研究代表者
１分子計測・操作 / 一分子計測・操作 / 国際情報交流 / 単分子イメージング / 生物物理 / 一分子計測 / バイオイメージング / 応用光学・量子光工学 / ラマン散乱分光 / 顕微分光 / 蛍光分光 / 光学 / 分光学 / 生物物理学 / エラストグラフィ / 力学計測 / メカノバイオロジー / 蛍光イメージング / 蛍光顕微鏡 / 培養細胞シート / 広視野 / 三次元 / 1細胞解析 / 1細胞オミクス / 一細胞オミクス / パターン解析 / トポロジカル解析 / ビッグデータ解析
研究代表者以外
1分子生物物理 / マイクロデバイス / 超解像顕微鏡 / 蛍光プローブ / 1細胞解析 / デジタルバイオ分析 / 1分子イメージング / マイクロドロプレットアレイ / ATP / インフルエンザ / 蛍光タンパク質 / デジタル計測 / 1分子計測 / ウイルス計測 / ELISA / 超解像 / 1分子検出 / 広視野イメージング / カルシウム / ウイルス
研究課題
研究成果
共同研究者
注目研究はありません。