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長﨑裕加

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2024年12月23日更新

職名: 助教
電話: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
電子メール: nagasaki.yuka@tokushima-u.ac.jp
学歴: 2011/9: 博士(薬学)
学位: 博士(薬学) (徳島大学) (2011年9月)
職歴・経歴: 2001/5: 徳島大学ゲノム機能研究センター・遺伝情報分野教務補佐員
2008/4: (独)産業技術総合研究所健康工学研究センター契約職員
2011/4: 鈴鹿医療科学大学薬学部薬学科助手
2013/7: 徳島文理大学香川薬学部特任講師
2015/4: 四国こどもとおとなの医療センター臨床研究部小児ゲノム医療研究室室長
2022/12: 徳島大学AWAサポートセンタ特任講師
2024/4: 徳島大学医歯薬学研究部・医薬品情報学分野助教

専門分野・研究分野: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

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2024年12月23日更新

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担当経験のある授業科目: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
指導経験: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

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研究テーマ: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

著書

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論文

Kiri Akieda, Kazuto Takegawa, Takeshi Ito, Gaku Nagayama, Naoshi Yamazaki, Yuka Nagasaki, Kohei Nishino, Hidetaka Kosako and Yasuo Shinohara :
Unique Behavior of Bacterially Expressed Rat Carnitine Palmitoyltransferase 2 and Its Catalytic Activity,
Biological & Pharmaceutical Bulletin, Vol.47, No.1, 23-27, 2024.

(要約): Mammalian type 2 carnitine parmitoyltransferase (EC 2.3.1.21), abbreviated as CPT2, is an enzyme involved in the translocation of fatty acid into the mitochondrial matrix space, and catalyzes the reaction acylcarnitine + CoA = acyl-CoA + carnitine. When rat CPT2 was expressed in Escherichia coli, its behavior was dependent on the presence or absence of i) its mitochondrial localization sequence and ii) a short amino acid sequence thought to anchor it to the mitochondrial inner membrane: CPT2 containing both sequences behaved as a hydrophobic protein, while recombinant CPT2 lacking both regions behaved as a water soluble protein; if only one region was present, the resultant proteins were observed in both fractions. Because relatively few protein species could be obtained from bacterial lysates as insoluble pellets under the experimental conditions used, selective enrichment of recombinant CPT2 protein containing both hydrophobic sequences was easily achieved. Furthermore, when CPT2 enriched in insoluble fraction was resuspended in an appropriate medium, it showed catalytic activity typical of CPT2: it was completely suppressed by the CPT2 inhibitor, ST1326, but not by the CPT1 inhibitor, malonyl-CoA. Therefore, we conclude that the bacterial expression system is an effective tool for characterization studies of mammalian CPT2.
(キーワード): Animals
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 115728
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1248/bpb.b23-00612
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 38171776; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 38171776; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1248/bpb.b23-00612

(徳島大学機関リポジトリ: 115728, DOI: 10.1248/bpb.b23-00612, PubMed: 38171776) Shohei Yamamura, Shouki Yatsushiro, Yuka Nagasaki, Kaori Abe, Yasuo Shinohara, Eiichi Tamiya, Yoshinobu Baba and Masatoshi Kataoka :
Accurate detection of carcinoma cells by use of a cell microarray chip.,
PLoS ONE, Vol.7, No.3, e32370, 2012.

(要約): Accurate detection and analysis of circulating tumor cells plays an important role in the diagnosis and treatment of metastatic cancer treatment. A cell microarray chip was used to detect spiked carcinoma cells among leukocytes. The chip, with 20,944 microchambers (105 µm width and 50 µm depth), was made from polystyrene; and the formation of monolayers of leukocytes in the microchambers was observed. Cultured human T lymphoblastoid leukemia (CCRF-CEM) cells were used to examine the potential of the cell microarray chip for the detection of spiked carcinoma cells. A T lymphoblastoid leukemia suspension was dispersed on the chip surface, followed by 15 min standing to allow the leukocytes to settle down into the microchambers. Approximately 29 leukocytes were found in each microchamber when about 600,000 leukocytes in total were dispersed onto a cell microarray chip. Similarly, when leukocytes isolated from human whole blood were used, approximately 89 leukocytes entered each microchamber when about 1,800,000 leukocytes in total were placed onto the cell microarray chip. After washing the chip surface, PE-labeled anti-cytokeratin monoclonal antibody and APC-labeled anti-CD326 (EpCAM) monoclonal antibody solution were dispersed onto the chip surface and allowed to react for 15 min; and then a microarray scanner was employed to detect any fluorescence-positive cells within 20 min. In the experiments using spiked carcinoma cells (NCI-H1650, 0.01 to 0.0001%), accurate detection of carcinoma cells was achieved with PE-labeled anti-cytokeratin monoclonal antibody. Furthermore, verification of carcinoma cells in the microchambers was performed by double staining with the above monoclonal antibodies. The potential application of the cell microarray chip for the detection of CTCs was shown, thus demonstrating accurate detection by double staining for cytokeratin and EpCAM at the single carcinoma cell level.
(キーワード): Antibodies, Monoclonal / Antigens, Neoplasm / Carcinoma / Cell Adhesion Molecules / Cell Line, Tumor / Cell Separation / Humans / Keratins / Leukocytes / Microscopy, Fluorescence / Neoplasm Metastasis / Neoplasms / Neoplastic Cells, Circulating / Oligonucleotide Array Sequence Analysis / Polystyrenes / Reproducibility of Results / T-Lymphocytes
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118438
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1371/journal.pone.0032370
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 22396762; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 22396762; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1371/journal.pone.0032370

(徳島大学機関リポジトリ: 118438, DOI: 10.1371/journal.pone.0032370, PubMed: 22396762) Yuka Nagasaki, Shouki Yatsushiro, Shohei Yamamura, Hiroko Abe, Kaori Abe, Masahiro Watanabe, Kazuaki Kajimoto, Yasuo Shinohara, Yoshinobu Baba and Masatoshi Kataoka :
Ribonuclease protection assay on microchip electrophoresis.,
Analyst, Vol.136, No.11, 2247-2251, 2011.

(要約): We describe the potential of microchip electrophoresis with a Hitachi SV1210, which can be used to evaluate the integrity of total RNA, for the analysis of mRNA expression. The ribonuclease (RNase) protection assay was performed by using microchip electrophoresis with cyanine 5 (Cy5) labeled 248-base antisense RNA probe (riboprobe) encoding adipose-type fatty acid binding protein (A-FABP) as the riboprobe. The fluorescence intensity corresponding to the protected RNA fragment increased in a dose-dependent manner with respect to the complementary strand RNA. Results were obtained in 120 s, and the same amount of Cy5-labeled antisense riboprobe as used in the conventional method can be used. Furthermore, 8 times more sensitive detection of mRNA by microchip electrophoresis could be obtained. An obvious increase in the mRNA expression of A-FABP, which is known as a differentiation marker of adipocytes, occurred during the adipocyte differentiation of 3T3-L1 cells. These results clearly indicate the potential of microchip electrophoresis for the analysis of mRNA expression in cells.
(キーワード): 3T3-L1 Cells / Animals / Carbocyanines / Electrophoresis, Microchip / Fatty Acid-Binding Proteins / Methylene Blue / Mice / Nuclease Protection Assays / RNA Probes / RNA, Antisense / RNA, Messenger / Ribonucleases
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1039/c0an01044h
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 21509398; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 21509398; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1039/c0an01044h

(DOI: 10.1039/c0an01044h, PubMed: 21509398) Shouki Yatsushiro, Yuka Nagasaki, Shohei Yamamura, Yasuo Shinohara, Yoshinobu Baba and Masatoshi Kataoka :
Highly sensitive DNA detection with a combination of 2 DNA-intercalating dyes for microchip electrophoresis.,
Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, Vol.55, No.1, 202-205, 2010.

(要約): A highly sensitive DNA detection method using a combination of ethidium bromide (EtBr) and SYBR Green II (SG II) for microchip electrophoresis was developed. By use of the combination of these intercalating DNA-staining dyes for microchip electrophoresis with Hitachi SV1100 system, the fluorescence intensities corresponding to DNA fragments were obviously increased over those obtained with EtBr only, with accuracy of DNA sizing and quantification. The detection limit with EtBr and the combination of EtBr and SG II were 0.048 and 0.007ng/μl, respectively. This highly sensitive DNA detection just using the combination of these dyes offering high resolution in a short time will be useful for various biological analyses.
(キーワード): DNA / DNA Fragmentation / Electrophoresis, Microchip / Ethidium / Fluorescent Dyes / Intercalating Agents / Limit of Detection / Microchemistry / Molecular Weight / Organic Chemicals / Plasmids / Reproducibility of Results / Spectrometry, Fluorescence
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1016/j.jpba.2010.12.014
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 21247720; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 21247720; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1016/j.jpba.2010.12.014

(DOI: 10.1016/j.jpba.2010.12.014, PubMed: 21247720) 山村昌平, 八代聖基, 長﨑裕加, 民谷栄一, 片岡正俊 :
細胞チップを用いた細胞の機能解析および診断システムの開発,
電気学会論文誌C (電子，情報，システム部門誌), 1795-1799, 2010年.

(キーワード): 細胞チップ / マイクロアレイ / ハイスループットスクリーニング / 単一細胞解析 / 寄生虫感染症 / マラリア
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1541/ieejeiss.130.1795
(文献検索サイトへのリンク): ● CiNii @ 国立情報学研究所 (CRID): 1390001204608446848; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1541/ieejeiss.130.1795

(DOI: 10.1541/ieejeiss.130.1795, CiNii: 1390001204608446848) Shouki Yatsushiro, Shohei Yamamura, Yuka Nagasaki, Yasuo Shinohara, Eiichi Tamiya, Toshihiro Horii, Yoshinobu Baba and Masatoshi Kataoka :
Rapid and highly sensitive detection of malaria-infected erythrocytes using a cell microarray chip.,
PLoS ONE, Vol.5, No.10, 2010.

(要約): A cell microarray chip was used to detect for malaria-infected erythrocytes. The chip, with 20,944 microchambers (105 µm width and 50 µm depth), was made from polystyrene, and the formation of monolayers of erythrocytes in the microchambers was observed. Cultured Plasmodium falciparum strain 3D7 was used to examine the potential of the cell microarray chip for malaria diagnosis. An erythrocyte suspension in a nuclear staining dye, SYTO 59, was dispersed on the chip surface, followed by 10 min standing to allow the erythrocytes to settle down into the microchambers. About 130 erythrocytes were accommodated in each microchamber, there being over 2,700,000 erythrocytes in total on a chip. A microarray scanner was employed to detect any fluorescence-positive erythrocytes within 5 min, and 0.0001% parasitemia could be detected. To examine the contamination by leukocytes of purified erythrocytes from human blood, 20 µl of whole blood was mixed with 10 ml of RPMI 1640, and the mixture was passed through a leukocyte isolation filter. The eluted portion was centrifuged at 1,000×g for 2 min, and the pellet was dispersed in 1.0 ml of medium. SYTO 59 was added to the erythrocyte suspension, followed by analysis on a cell microarray chip. Similar accommodation of cells in the microchambers was observed. The number of contaminating leukocytes was less than 1 on a cell microarray chip.
(キーワード): Animals / Erythrocytes / Humans / Malaria, Falciparum / Plasmodium falciparum
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118437
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1371/journal.pone.0013179
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 20967248; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 20967248; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1371/journal.pone.0013179

(徳島大学機関リポジトリ: 118437, DOI: 10.1371/journal.pone.0013179, PubMed: 20967248) Yuka Nagasaki, Maki Moritani, Toshihito Tanahashi, Dai Osabe, Kyoko Nomura, Yuka Fujita, Parvaneh Keshavarz, Kiyoshi Kunika, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Eiichiro Ichiishi, Hiroshi Shiota, Natsuo Yasui, Hiroshi Inoue and Mitsuo Itakura :
Lack of association of genetic variation in chromosome region 15q14-22.1 with type 2 diabetes in a Japanese population.,
BMC Medical Genetics, Vol.9, 22, 2008.

(要約): BACKGROUND: Chromosome 15q14-22.1 has been linked to type 2 diabetes (T2D) and its related traits in Japanese and other populations. The presence of T2D disease susceptibility variant(s) was assessed in the 21.8 Mb region between D15S118 and D15S117 in a Japanese population using a region-wide case-control association test. METHODS: A two-stage association test was performed using Japanese subjects: The discovery panel (Stage 1) used 372 cases and 360 controls, while an independent replication panel (Stage 2) used 532 cases and 530 controls. A total of 1,317 evenly-spaced, common SNP markers with minor allele frequencies > 0.10 were typed for each stage. Captured genetic variation was examined in HapMap JPT SNPs, and a haplotype-based association test was performed. RESULTS: SNP2140 (rs2412747) (C/T) in intron 33 of the ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 1 (UBR1) gene was selected as a landmark SNP based on repeated significant associations in Stage 1 and Stage 2. However, the marginal p value (p = 0.0043 in the allelic test, OR = 1.26, 95% CI = 1.07-1.48 for combined samples) was weak in a single locus or haplotype-based association test. We failed to find any significant SNPs after correcting for multiple testing. CONCLUSION: The two-stage association test did not reveal a strong association between T2D and any common variants on chromosome 15q14-22.1 in 1,794 Japanese subjects. A further association test with a larger sample size and denser SNP markers is required to confirm these observations.
(キーワード): Adult / Aged / Case-Control Studies / Chromosome Mapping / Chromosomes, Human, Pair 15 / Diabetes Mellitus, Type 2 / Female / Genetic Variation / Haplotypes / Humans / Japan / Linkage Disequilibrium / Male / Middle Aged / Polymorphism, Single Nucleotide
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118434
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1186/1471-2350-9-22
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 18366806; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 18366806; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1186/1471-2350-9-22

(徳島大学機関リポジトリ: 118434, DOI: 10.1186/1471-2350-9-22, PubMed: 18366806) Toshihito Tanahashi, Keiko Shinohara, Parvaneh Keshavarz, Yuka Nagasaki, Katsuyuki Miyawaki, Kiyoshi Kunika, Maki Moritani, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Hiroshi Shiota, Hiroshi Inoue and Mitsuo Itakura :
The association of genetic variants in Krüppel-like factor 11 and Type 2 diabetes in the Japanese population.,
Diabetic Medicine, Vol.25, No.1, 19-26, 2008.

(要約): Krüppel-like factor 11 (KLF11) is a transcriptional factor of the zinc finger domain family that regulates the expression of insulin. In North European populations, its common functional variant Q62R (rs35927125) is a strong genetic factor for Type 2 diabetes (P = 0.00033, odds ratio for G allele = 1.29, 95% CI 1.12-1.49). We examined the contribution of KLF11 variants to the susceptibility to Type 2 diabetes in a Japanese population. By re-sequencing Japanese individuals (n = 24, partly 96), we screened all four exons, exon/intron boundaries and flanking regions of KLF11. Verified single nucleotide polymorphisms (SNPs) were genotyped in 731 initial samples (369 control and 362 case subjects). Subsequently, we tested for association in 1087 samples (524 control and 563 case subjects), which were collected in different districts of Japan from the initial samples. We identified eight variants, including a novel A/C variant on intron 3, but no mis-sense mutations. In an association study, we failed to find any significant result of SNPs (minor allele frequency 8.2-46.2%) after correcting for multiple testing. Similarly, no haplotypes were associated with Type 2 diabetes. It is notable that the G allele in rs35927125 was completely absent in 1818 Japanese individuals. Genetic variants in KLF11 are unlikely to have a major effect of Type 2 diabetes in the Japanese population, although they were significantly associated in North European populations. These observations might help to determine the role of KLF11 variants in Type 2 diabetes in different populations.
(キーワード): Adult / 分散分析 (analysis of variance) / Asian Continental Ancestry Group / Cell Cycle Proteins / Diabetes Mellitus, Type 2 / 女性 (female) / Gene Frequency / Genetic Predisposition to Disease / Genotype / Humans / インスリン (insulin) / 日本 (Japan) / Linkage Disequilibrium / 男性 (male) / Middle Aged / Repressor Proteins
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118435
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1111/j.1464-5491.2007.02315.x
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 18199129; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 18199129; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1111/j.1464-5491.2007.02315.x

(徳島大学機関リポジトリ: 118435, DOI: 10.1111/j.1464-5491.2007.02315.x, PubMed: 18199129) Yukiko Yamashita, Hiroshi Inoue, Keshavarz Parvaneh, Katsuyuki Miyawaki, Yuka Nagasaki, Maki Moritani, Kiyoshi Kunika, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Natsuo Yasui, Hiroshi Shiota, Toshihito Tanahashi and Mitsuo Itakura :
SNPs in the KCNJ11-ABCC8 gene locus are associated with type 2 diabetes and blood pressure levels in the Japanese population.,
Journal of Human Genetics, Vol.52, No.10, 781-793, 2007.

(要約): Many genetic association studies support a contribution of genetic variants in the KCNJ11-ABCC8 gene locus to type 2 diabetes (T2D) susceptibility in Caucasians. In non-Caucasian populations, however, there have been only a few association studies, and discordant results were obtained. Herein, we selected a total of 31 SNPs covering a 211.3-kb region of the KCNJ11-ABCC8 locus, characterized the patterns of linkage disequilibrium (LD) and haplotype structure, and performed a case-control association study in a Japanese population consisting of 909 T2D patients and 893 control subjects. We found significant associations between eight SNPs, including the KCNJ11 E23K and ABCC8 S1369A variants, and T2D. These disease-associated SNPs were genetically indistinguishable because of the presence of strong LD, as found previously in Caucasians. For the KCNJ11 E23K variant, the most significant association was obtained under a dominant genetic model (OR 1.32, 95% CI 1.09-1.60, P = 0.004). A meta-analysis of East Asian studies, comprising a total of 3,357 T2D patients (77.4% Japanese) and 2,836 control subjects (77.8% Japanese), confirmed the significant role of the KCNJ11 E23K variant in T2D susceptibility. Furthermore, we found evidence suggesting that the KCNJ11 E23K genotype is independently associated with higher blood-pressure levels.
(キーワード): ATP-Binding Cassette Transporters / Aged / Asian Continental Ancestry Group / 血圧 (blood pressure) / Diabetes Mellitus, Type 2 / 女性 (female) / Humans / 日本 (Japan) / 男性 (male) / Middle Aged / Polymorphism, Single Nucleotide / Potassium Channels / Potassium Channels, Inwardly Rectifying / Receptors, Drug
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1007/s10038-007-0190-x
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 17823772; ● CiNii @ 国立情報学研究所 (CRID): 1521417754939063936; ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-34848895423

(DOI: 10.1007/s10038-007-0190-x, PubMed: 17823772, CiNii: 1521417754939063936, Elsevier: Scopus) Dai Osabe, Toshihito Tanahashi, Kyoko Nomura, Shuichi Shinohara, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Hiroshi Shiota, Parvaneh Keshavarz, Yuka Nagasaki, Kiyoshi Kunika, Maki Moritani, Hiroshi Inoue and Mitsuo Itakura :
Evaluation of sample size effect on the identification of haplotype blocks.,
BMC Bioinformatics, Vol.8, 200, 2007.

(要約): Genome-wide maps of linkage disequilibrium (LD) and haplotypes have been created for different populations. Substantial sharing of the boundaries and haplotypes among populations was observed, but haplotype variations have also been reported across populations. Conflicting observations on the extent and distribution of haplotypes require careful examination. The mechanisms that shape haplotypes have not been fully explored, although the effect of sample size has been implicated. We present a close examination of the effect of sample size on haplotype blocks using an original computational simulation. A region spanning 19.31 Mb on chromosome 20q was genotyped for 1,147 SNPs in 725 Japanese subjects. One region of 445 kb exhibiting a single strong LD value (average |D'|; 0.94) was selected for the analysis of sample size effect on haplotype structure. Three different block definitions (recombination-based, LD-based, and diversity-based) were exploited to create simulations for block identification with theta value from real genotyping data. As a result, it was quite difficult to estimate a haplotype block for data with less than 200 samples. Attainment of a reliable haplotype structure with 50 samples was not possible, although the simulation was repeated 10,000 times. These analyses underscored the difficulties of estimating haplotype blocks. To acquire a reliable result, it would be necessary to increase sample size more than 725 and to repeat the simulation 3,000 times. Even in one genomic region showing a high LD value, the haplotype block might be fragile. We emphasize the importance of applying careful confidence measures when using the estimated haplotype structure in biomedical research.
(キーワード): Chromosome Mapping / Chromosomes, Human, Pair 20 / Computer Simulation / Genetic Variation / Haplotypes / Humans / Linkage Disequilibrium / Models, Genetic / Models, Statistical / Sample Size / Sensitivity and Specificity
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118432
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1186/1471-2105-8-200
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 17567919; ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-34547118094

(徳島大学機関リポジトリ: 118432, DOI: 10.1186/1471-2105-8-200, PubMed: 17567919, Elsevier: Scopus) Maki Moritani, Kyoko Nomura, Toshihito Tanahashi, Dai Osabe, Yuka Fujita, Shinohara Syuichi, Yuka Nagasaki, Parvaneh Keshavarz, Eiji Kudo, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Eiichiro Ichiichi, Yoichiro Takata, Natsuo Yasui, Hiroshi Shiota, Kiyoshi Kunika, Hiroshi Inoue and Mitsuo Itakura :
Genetic association of single nucleotide polymorphisms in endonuclease G-like 1 gene with type 2 diabetes in a Japanese population.,
Diabetologia, Vol.50, No.6, 1218-1227, 2007.

(要約): In order to identify type 2 diabetes disease susceptibility gene(s) in a Japanese population, we applied a region-wide case-control association test to the 20.4 Mb region between D3S1293 and D3S2319 on chromosome 3p24.3-22.1, supported by linkage to type 2 diabetes and its related traits in Japanese and multiple populations. We performed a two-stage association test using 1,762 Japanese persons with 485 gene-centric, evenly spaced, common single nucleotide polymorphism (SNP) markers with minor allele frequency >0.1. For mouse studies, total RNA was extracted from various organs of BKS.Cg-+Lepr(db)/+Lepr(db) and control mice, and from MIN6, NIH3T3 and C2C12 cell lines. We detected a landmark SNP375 (A/G) (rs2051211, p = 0.000046, odds ratio = 1.33, 95% CI 1.16-1.53) in intron 5 of the endonuclease G-like 1 (ENDOGL1) gene. Systematic dense SNPs approach identified a susceptibility linkage disequilibrium (LD) block of 116.5 kb by |D'|, an LD units map and a critical region of 2.1 kb by r (2) in ENDOGL1. A haplotype-based association test showed that an at-risk haplotype is associated with disease status (p = 0.00001). The expression of ENDOGL1 was rather ubiquitous with relatively abundant expression in the brain and also in a pancreatic islet beta cell line. Mouse Endogl1 expression increased in pancreatic islets of hyperglycaemic BKS.Cg-+Lepr(db)/+Lepr(db) mice compared with that in control mice. Based on the population genetics, fine mapping of LD block and haplotype analysis, we conclude that ENDOGL1 is a candidate disease-susceptibility gene for type 2 diabetes in a Japanese population. Further analysis in a larger sample size is required to substantiate this conclusion.
(キーワード): Adult / Aged / Body Mass Index / Case-Control Studies / Diabetes Mellitus, Type 2 / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / Female / Genetic Predisposition to Disease / Hemoglobin A, Glycosylated / Humans / Japan / Male / Middle Aged / Polymorphism, Single Nucleotide / Reference Values
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1007/s00125-007-0631-2
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 17415550; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 17415550; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1007/s00125-007-0631-2

(DOI: 10.1007/s00125-007-0631-2, PubMed: 17415550) Toshihito Tanahashi, Dai Osabe, Kyoko Nomura, Syuichi Shinohara, Hitoshi Kato, Eiichiro Ichiishi, Naoto Nakamura, Toshikazu Yoshikawa, Yoichiro Takata, Tatsuro Miyamoto, Hiroshi Shiota, Parvaneh Keshavarz, Yuka Nagasaki, Kiyoshi Kunika, Maki Moritani, Hiroshi Inoue and Mitsuo Itakura :
Association study on chromosome 20q11.21-13.13 locus and its contribution to type 2 diabetes susceptibility in Japanese.,
Human Genetics, Vol.120, No.4, 527-542, 2006.

(要約): Several linkage studies have predicted that human chromosome 20q is closely related to type 2 diabetes, but there is no clear evidence that certain variant(s) or gene(s) have strong effects on the disease within this region. To examine disease susceptibility variant in Japanese, verified SNPs from the databases, with a minor allele frequency larger than 0.15, were selected at 10-kb intervals across a 19.31-Mb region (20q11.21-13.13), which contained 291 genes, including hepatocyte nuclear factor 4alpha (HNF4alpha). As a result, a total of 1,147 SNPs were genotyped with TaqMan assay using 1,818 Japanese samples. By searching for HNF4alpha as a representative disease-susceptible gene, no variants of HNF4alpha were strongly associated with disease. To identify other genetic variant related with disease, we designed an extensive two-stage association study (725 first and 1,093 second test samples). Although SNP1146 (rs220076) was selected as a landmark within the 19.31 Mb region, the magnitude of the nominal P value (P = 0.0023) was rather weak. Subsequently, a haplotype-based association study showed that two common haplotypes were weakly associated with disease. All of these tests resulted in non-significance after adjusting for Bonferroni's correction and the false discovery rate to control for the impact of multiple testing. Contrary to the initial expectations, we could not conclude that certain SNPs had a major effect on this promising locus within the framework presented here. As a way to extend our observations, we emphasize the importance of a subsequent association study including replication and/or meta-analysis in multiple populations.
(キーワード): Aged / Asian Continental Ancestry Group / Chromosome Mapping / Chromosomes, Human, Pair 20 / Diabetes Mellitus, Type 2 / Female / Gene Frequency / Genetic Predisposition to Disease / Genotype / Haplotypes / Hepatocyte Nuclear Factor 4 / Humans / 日本 (Japan) / Linkage Disequilibrium / Lod Score / Male / Middle Aged / Polymorphism, Single Nucleotide
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1007/s00439-006-0231-0
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 16955255; ● Search Scopus @ Elsevier (PMID): 16955255; ● Search Scopus @ Elsevier (DOI): 10.1007/s00439-006-0231-0

(DOI: 10.1007/s00439-006-0231-0, PubMed: 16955255) Maki Moritani, Katsuhiko Togawa, Hiroshi Yaguchi, Yuka Fujita, Yuka Nagasaki, Hiroshi Inoue, Naoyuki Kamatani and Mitsuo Itakura :
Identification of diabetes susceptibility loci in db mice by combined quantitative trait loci analysis and haplotype mapping.,
Genomics, Vol.88, No.6, 719-730, 2006.

(要約): To identify the disease-susceptibility genes of type 2 diabetes, we performed quantitative trait loci (QTL) analysis in F(2) populations generated from a BKS.Cg-m+/+Lepr(db) and C3H/HeJ intercross, taking advantage of genetically determined obesity and diabetes traits associated with the db gene. A genome-wide scan in the F(2) populations divided by sex and db genotypes identified 14 QTLs in total and 3 major QTLs on chromosome (Chr) 3 (LOD 5.78) for fat pad weight, Chr 15 (LOD 6.64) for body weight, and Chr 16 (LOD 8.15) for blood glucose concentrations. A linear-model-based genome scan using interactive covariates allowed us to consider sex- or sex-by db-specific effects of each locus. For the most significant QTL on Chr 16, the high-resolution haplotype comparison between BKS and C3H strains reduced the critical QTL interval from 20 to 4.6 Mb by excluding shared haplotype regions and identified 11 nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms in six candidate genes.
(キーワード): Animals / Chromosome Mapping / Crosses, Genetic / Diabetes Mellitus, Type 2 / Disease Susceptibility / Female / Haplotypes / Male / Mice / Mice, Inbred C3H / Mice, Inbred C57BL / 肥満症 (obesity) / Polymorphism, Single Nucleotide / Quantitative Trait Loci
(徳島大学機関リポジトリ): ● Metadata: 118430
(出版サイトへのリンク): ● Publication site (DOI): 10.1016/j.ygeno.2006.07.002
(文献検索サイトへのリンク): ● PubMed @ National Institutes of Health, US National Library of Medicine (PMID): 16919419; ● Summary page in Scopus @ Elsevier: 2-s2.0-33750957306

(徳島大学機関リポジトリ: 118430, DOI: 10.1016/j.ygeno.2006.07.002, PubMed: 16919419, Elsevier: Scopus)

MISC

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総説・解説: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
講演・発表: Yuka Nagasaki, S Yatsushiro, S. Yamamura, Kaori Abe, Yasuo Shinohara and Masatoshi Kataoka :
High sensitive DNA detection with the combination of two kinds of fluorescent dyes by microchip electrophoresis,
Pacifichem 2010, Honolulu, Dec. 2010. 中村麻理奈, 長﨑裕加, 佐藤陽一 :
Association of CYP gene polymorphisms with adverse events and blood levels of vancomycin administration,
日本人類遺伝学会第69回大会, 2024年10月. 新居謙司郎, 多田篤史, 中川雄介, 長﨑裕加, 佐藤陽一 :
Evolution of the Japanese Y chromosome in the context of haplogroups and AZFc region deletion patterns,
日本人類遺伝学会第69回大会, 2024年10月. 菊地康友, 古城公佑, 沼畑大介, 内田将央, 山崎一恭, 岩本晃明, 長﨑裕加, 佐藤陽一 :
Development of a predictive model for sperm retrieval by micro-TESE using genomic information,
日本人類遺伝学会第69回大会, 2024年10月. 西田玖二子, 古城公佑, 沼畑大介, 内田将央, 山崎一恭, 岩本晃明, 長﨑裕加, 佐藤陽一 :
Investigation of genetic causes by exome sequencing in families with non-obstructive azoospermia,
日本人類遺伝学会第69回大会, 2024年10月. 武川和人, 伊藤剛, 長﨑裕加, 山﨑尚志, 新藤充, 篠原康雄 :
ボンクレキン酸がミトコンドリアのADP/ATP輸送体を阻害する際に重要となる部分構造,
ダイバーシティ推進研究交流発表会オンライン2023, 2024年3月. 秋枝紀凛, 武川和人, 伊藤剛, 長山岳, 山﨑尚志, 長﨑裕加, 西野耕平, 小迫英尊, 篠原康雄 :
大腸菌発現系を用いた哺乳類脂質代謝酵素の特性解析と機能評価,
ダイバーシティ推進研究交流発表会オンライン2023, 2024年3月. 長﨑裕加, 小西壽久, 山田弘明, 飯原なおみ :
お薬手帳の適正利用に関して,
第56回日本薬学会・日本薬剤師会・日本病院薬剤師会中国四国支部学術大会, 2017年10月. 長﨑裕加, 小西壽久, 山田弘明, 飯原なおみ :
お薬手帳の普及と本来の意義の再確認(徳島県の調査),
日本薬学会第137年会, 2017年3月. 長﨑裕加, 森谷眞紀, 飯原なおみ :
薬剤師を対象とした「副作用診断教育プログラム」の波及効果,
第54回日本薬学会中国四国支部学術大会, 2015年11月. 森谷眞紀, 神野一彦, 松本真理, 市川朋子, 渡部有加, 清水義樹, 長﨑裕加, 飯原なおみ, 横田一郎 :
日本人新生児糖尿病患者におけるKATPチャネル遺伝子変異とスルホニル尿素薬との関連,
日本薬学会第134年会, 2014年11月. 長﨑裕加, 飯原なおみ, 二宮昌樹, 中妻章, 安西英明, 清水義樹, 川地陽子, 植村公美英, 長谷川清, 宮澤宏, 丸山徳見, 桐野豊 :
へき地医療実習の教育効果,
日本薬学会第134年会, 2014年3月. 飯原なおみ, 吉田知司, 岡田岳人, 中妻章, 長﨑裕加, 桐野豊 :
ナショナルレセプトデータベースを用いた運転等禁止・注意医薬品使用における年齢階層別分析,
日本薬学会第134年会, 2014年3月. 長﨑裕加, 西方春奈, 濱田智帆, 半田哲郎 :
逆送蒸発法(REV)による単一2分子膜リポソームに対する浸透圧の効果,
日本薬学会第133年会, 2013年3月. 長﨑裕加, 八代聖基, 片岡正俊, 中山浩伸, 半田哲郎 :
マイクロチップ電気泳動装置を用いた迅速RNaseプロテクションアッセイの確立,
日本薬学会第132年会, 2012年3月. 長﨑裕加, 八代聖基, 山村昌平, 阿部佳織, 渡邊正博, 梶本和昭, 篠原康雄, 片岡正俊 :
マイクロチップ電気泳動装置を用いた迅速RNaseプロテクションアッセイ法の確立,
第52回日本生化学会中国・四国支部例会, 2011年5月. 長﨑裕加, 八代聖基, 山村昌平, 阿部佳織, 篠原康雄, 片岡正俊 :
蛍光色素検討によるマイクロチップ電気泳動における核酸検出の高感度化の構築,
第51回日本生化学会中国・四国支部例会, 2010年5月. 長﨑裕加, 八代聖基, 山村昌平, 北村慎一, 阿部佳織, 赤峰理恵, 篠原康雄, 片岡正俊 :
マイクロチップ電気泳動における核酸検出の高感度化に向けた蛍光色素の検討,
日本薬学会第130年会, 2010年3月. 長﨑裕加, 八代聖基, 山村昌平, 北村慎一, 阿部佳織, 赤峰理恵, 篠原康雄, 片岡正俊 :
蛍光色素検討によるマイクロチップ電気泳動装置を用いた核酸検出の高感度化,
第48回日本薬学会中国四国支部学術大会, 2009年11月. 長﨑裕加, 藤田由香, 森谷眞紀, 板倉光夫 :
日本人2型糖尿病疾患感受性候補遺伝子の網羅的関連解析およびENDOGL1遺伝子の機能解析,
第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会, 2007年12月. 長﨑裕加, 長部大, 棚橋俊仁, 野村恭子, 篠原秀一, 一石英一郎, 中村直登, 吉川敏一, 国香清, 森谷眞紀, 井上寛 :
第15番染色体長腕候補領域における日本人2型糖尿病の疾患感受性遺伝子の探索,
第49回日本糖尿病学会年次学術集会, 2006年5月.

研究会・報告書: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

特許: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
作品: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
補助金・競争的資金: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

その他: 研究者総覧に該当データはありませんでした。

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2024年12月23日更新

専門分野・研究分野: 研究者総覧に該当データはありませんでした。
所属学会・所属協会: 日本薬学会
委員歴・役員歴: 日本薬学会 (一般会員 [2024年2月〜2025年1月])
受賞: 2006年5月, 第49回日本糖尿病学会年次学術集会 (一般社団法人日本糖尿病学会)
活動: 徳島市男女共同参画推進ネットワーク会議 (委員 [2023年4月〜2024年3月])
「徳島市男女共同参画に関する学習会」開催業務に関する団体選定審査委員会 (委員 [2023年7月〜9月])
徳島県経営者協会''あい''レディース部会 (オブザーバー [2023年5月〜2024年3月])
第3次小松島市男女共同参画計画策定委員会 (委員 [2023年5月〜2024年3月])
徳島県国民保護協議会委員 (委員 [2024年6月〜2025年5月])

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