研究者を探す
山上 龍太
愛媛大学
2024年12月23日更新
- 職名
- 助教
- 電話
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 電子メール
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 学歴
- 2006/04/01-2010/03/31 愛媛大学
2010/04/01-2012/03/31 愛媛大学
2012/04/01-2015/03/31 愛媛大学 - 学位
- 博士(工学) 愛媛大学
- 職歴・経歴
- 2014/04/01-2015/03/31 愛媛大学 日本学術振興会特別研究員DC2
2014/04-2015/03 日本学術振興会特別研究員(DC2) (愛媛大学)
2015/04/01-2016/03/31 愛媛大学 日本学術振興会特別研究員PD
2015/04-2016/03 日本学術振興会特別研究員(PD)(愛媛大学)
2016/04/01-2021/03/31 ペンシルバニア州立大学 博士研究員
2016/04-2021/03 ペンシルバニア州立大学 ポストドクトラルフェロー
2017/01/01-2017/12/31 ペンシルバニア州立大学 上原記念生命科学財団 海外リサーチフェロー
2017/01-2017/12 上原記念生命科学財団海外リサーチフェロー
2019/04/01-2021/03/31 ペンシルバニア州立大学 日本学術振興会 海外特別研究員
2019/04-2021/03 日本学術振興会海外特別研究員 (ペンシルバニア州立大学)
2021/04-2024/03 愛媛大学 大学院理工学研究科 助教
2024/04-現在 愛媛大学 大学院理工学研究科 特任講師
- 専門分野・研究分野
- ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 分子生物学 / 分子生物学、生化学
ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 機能生物化学
ライフサイエンス / 生物物理学
2024年12月23日更新
- 専門分野・研究分野
- ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 分子生物学 / 分子生物学、生化学
ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 機能生物化学
ライフサイエンス / 生物物理学 - 担当経験のある授業科目
- 新入生セミナーB
応用化学実験I
応用化学実験Ⅲ
学部共通PBL - 指導経験
- 2024,前期,共通教育,新入生セミナーB
2024,前期,工学部,応用化学実験I
2024,前期,工学部,応用化学実験Ⅲ
2024,後期,工学部,学部共通PBL
2024年12月23日更新
- 専門分野・研究分野
- ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 分子生物学 / 分子生物学、生化学
ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 機能生物化学
ライフサイエンス / 生物物理学
- 研究テーマ
- RNA
タンパク質合成
tRNA
RNA修飾
リボザイム
RNA folding
Translation
- 著書
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 論文
- ArcS from Thermococcus kodakarensis transfers L-lysine to preQ0 nucleoside derivatives as minimum substrate RNAs. Shu FujitaYuzuru SugioTakuya KawamuraRyota YamagamiNatsuhisa OkaAkira HirataTakashi YokogawaHiroyuki Hori 2024/06/27 The Journal of biological chemistry 300/ 8, 107505-107505 研究論文（学術雑誌）
High-throughput mutational analysis of a methyltransferase ribozyme. Ryota YamagamiHina KubotaEmi KohnoHiroyuki Hori 2024/06 Frontiers in RNA Research 2 研究論文（学術雑誌）
Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA. Teppei MatsudaHiroyuki HoriRyota Yamagami 2024/05/16 RNA (New York, N.Y.) 30/ 6, 710-727 研究論文（学術雑誌）
Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) requires the correct localization of its methylation site (G18) in the D-loop for efficient methylation. Yoh KohnoAsako ItoAya OkamotoRyota YamagamiAkira HirataHiroyuki Hori 2023/12/20 Journal of biochemistry 175/ 1, 43-56 研究論文（学術雑誌）
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life. McCauley O MeyerRyota YamagamiSaehyun ChoiChristine D KeatingPhilip C Bevilacqua 2023/09/22 Science advances 9/ 38, eadh5152-15 研究論文（学術雑誌）
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life. McCauley O MeyerRyota YamagamiSaehyun ChoiChristine D KeatingPhilip C Bevilacqua 2023/02/27 bioRxiv : the preprint server for biology
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの複製複合体再構成に向けた生化学的評価 内上祐介山上龍太安部真人田島茂林昌宏海老原秀喜好井健太朗堀弘幸VASUDEVAN Subhash G澤崎達也高橋宏隆 2023 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 70th
Functional analysis of tRNA modification enzymes using mutational profiling. Ryota YamagamiHiroyuki Hori 2023 Methods in enzymology 692, 69-101 研究論文（学術雑誌）
Structure-seq of tRNAs and other short RNAs in droplets and in vivo. McCauley O MeyerSaehyun ChoiChristine D KeatingPhilip C BevilacquaRyota Yamagami 2023 Methods in enzymology 691, 81-126 研究論文（学術雑誌）
Application of mutational profiling: New functional analyses reveal the tRNA recognition mechanism of tRNA m1A22 methyltransferase. Ryota YamagamiHiroyuki Hori 2022/12/01 Journal of Biological Chemistry 299/ 1, 102759-102759 研究論文（学術雑誌）
A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA Yuzuru SugioRyota YamagamiNaoki ShigiHiroyuki Hori 2022/11/21 RNA 研究論文（学術雑誌）
Genome-wide analysis of the in vivo tRNA structurome reveals RNA structural and modification dynamics under heat stress. Ryota YamagamiJacob P. SiegSarah M. AssmannPhilip C. Bevilacqua 2022/06/21 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119/ 25, e2201237119 研究論文（学術雑誌）
Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine-N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex) Yu NishidaShiho OhmoriRisa KakizonoKunpei KawaiMiyu NambaKazuki OkadaRyota YamagamiAkira HirataHiroyuki Hori 2022/04/06 International Journal of Molecular Sciences 23/ 7, 4046-4046 研究論文（学術雑誌）
コムギ無細胞系を用いたDENVポリプロテインの合成と複製複合体再構成に向けた酵素活性評価 内上祐介江村祐希VASUDEVAN Subhash G.安部真人山上龍太堀弘幸高橋宏隆澤崎達也 2022 日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 69th
Functional Roles of Chelated Magnesium Ions in RNA Folding and Function Ryota YamagamiJacob P. SiegPhilip C. Bevilacqua 2021/08/10 Biochemistry 60/ 31, 2374-2386 研究論文（学術雑誌）
Inverse RNA Folding Workflow to Design and Test Ribozymes that Include Pseudoknots. Mohammad Kayedkhordeh*Ryota Yamagami*Philip C. BevilacquaDavid H. Mathews 2021 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.) 2167, 113-143 研究論文（学術雑誌）
Single-nucleotide control of tRNA folding cooperativity under near-cellular conditions. Kathleen A. Leamy*Ryota Yamagami*Neela H. YennawarPhilip C. Bevilacqua 2019/11/12 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116/ 46, 23075-23082 研究論文（学術雑誌）
Cellular Concentrations of Nucleotide Diphosphate-Chelated Magnesium Ions Accelerate Catalysis by RNA and DNA Enzymes. Ryota YamagamiRuochuan HuangPhilip C. Bevilacqua 2019/09/24 Biochemistry 58/ 38, 3971-3979 研究論文（学術雑誌）
Design of highly active double-pseudoknotted ribozymes: a combined computational and experimental study. Ryota YamagamiMohammad KayedkhordehDavid H. MathewsPhilip C. Bevilacqua 2019/01/10 Nucleic Acids Research 47/ 1, 29-42 研究論文（学術雑誌）
Transfer RNA Modification Enzymes from Thermophiles and Their Modified Nucleosides in tRNA. Hori HKawamura TAwai TOchi AYamagami RTomikawa CHirata A 2018/10 Microorganisms 6/ 4 研究論文（学術雑誌）
Consumption of N5, N10-methylenetetrahydrofolate in Thermus thermophilus under nutrient-poor condition Yamagami R.Miyake R.Fukumoto A.Nakashima M.Hori H. 2018/08 Journal of Biochemistry 164/ 2, 141-152 研究論文（学術雑誌）
Cellular conditions of weakly chelated magnesium ions strongly promote RNA stability and catalysis Yamagami R.Bingaman J.L.Frankel E.A.Bevilacqua P.C. 2018/06 Nature Communications 9/ 1, 2149 研究論文（学術雑誌）
Long and branched polyamines are required for maintenance of the ribosome, tRNA(His) and tRNA(Tyr) in Thermus thermophilus cells at high temperatures Misa NakashimaRyota YamagamiChie TomikawaYuki OchiToshiyuki MoriyaHaruichi AsaharaDominique FourmySatoko YoshizawaTairo OshimaHiroyuki Hori 2017/07 Genes to Cells 22/ 7, 628-645 研究論文（学術雑誌）
Folate-/FAD-dependent tRNA methyltransferase from Thermus thermophilus regulates other modifications in tRNA at low temperatures Ryota YamagamiChie TomikawaNaoki ShigiAi KazayamaShin-ichi AsaiHiroyuki TakumaAkira HirataDominique FourmyHaruichi AsaharaKimitsuna WatanabeSatoko YoshizawaHiroyuki Hori 2016/07 Genes to Cells 21/ 7, 740-754 研究論文（学術雑誌）
Regulation of protein synthesis via the network between modified nucleosides in tRNA and tRNA modification enzymes in Thermus thermophilus, a thermophilic eubacterium. Hiroyuki HoriRyota YamagamiChie Tomikawa 2016 Modified Nucleic Acids in Biology and Medicine. 73-89
In vitro dihydrouridine formation by tRNA dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus, an extreme-thermophilic eubacterium Hiroaki KusubaTakeshi YoshidaEri IwasakiTakako AwaiAi KazayamaAkira HirataChie TomikawaRyota YamagamiHiroyuki Hori 2015/12 Journal of Biochemistry 158/ 6, 513-521 研究論文（学術雑誌）
Improved solid-phase DNA probe method for tRNA purification: large-scale preparation and alteration of DNA fixation Ai KazayamaRyota YamagamiTakashi YokogawaHiroyuki Hori 2015/05 Journal of Biochemistry 157/ 5, 411-418 研究論文（学術雑誌）
トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素(TrmH)の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別 越智杏奈真壁幸樹山上龍太平田章坂口怜子HOU Ya-Ming渡辺和則濡木理桑島邦博堀弘幸 2014 日本RNA学会年会要旨集 16th
The Catalytic Domain of Topological Knot tRNA Methyltransferase (TrmH) Discriminates between Substrate tRNA and Nonsubstrate tRNA via an Induced-fit Process Anna OchiKoki MakabeRyota YamagamiAkira HirataReiko SakaguchiYa-Ming HouKazunori WatanabeOsamu NurekiKunihiro KuwajimaHiroyuki Hori 2013/08 Journal of Biological Chemistry 288/ 35, 25562-25574 研究論文（学術雑誌）
葉酸依存性tRNA(m5U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか? 山上龍太山下光輝西増弘志冨川千恵越智杏奈岩下智香子平田章石谷隆一郎濡木理堀弘幸堀弘幸 2013 日本RNA学会年会要旨集 15th
The tRNA Recognition Mechanism of Folate/FAD-dependent tRNA Methyltransferase (TrmFO) Ryota YamagamiKoki YamashitaHiroshi NishimasuChie TomikawaAnna OchiChikako IwashitaAkira HirataRyuichiro IshitaniOsamu NurekiHiroyuki Hori 2012/12 Journal of Biological Chemistry 287/ 51, 42480-42494 研究論文（学術雑誌）
X-ray structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease: insights into the evolution of a novel three-unit composition and a unique loop involved in broad substrate specificity Akira HirataKosuke FujishimaRyota YamagamiTakuya KawamuraJillian F. BanfieldAkio KanaiHiroyuki Hori 2012/11 Nucleic Acids Research 40/ 20, 10554-10566 研究論文（学術雑誌）
サーマス・サーモフィラス由来tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識機構 山上龍太山下光輝西増弘志冨川千恵越智杏奈岩下智香子平田章石谷隆一郎濡木理堀弘幸堀弘幸 2012 日本RNA学会年会要旨集 14th - MISC
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 総説・解説
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 講演・発表
- コムギ無細胞系を用いたDENVのNS1-NS5ポリプロテインの合成と 複製複合体再構成に向けた酵素活性評価 第36回中国四国ウイルス研究会
コムギ無細胞系を用いたDENVの NS1-NS5ポリプロテインの合成と生化学的評価 トガ・フラビ・ぺシチ研究会
超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisにおけるtRNAメチル化酵素Trm14の性質の解明 第45回日本分子生物学会年会
MTSEA-ビオチンによるtRNAのビオチン化反応の最適化 第47回日本分子生物学会年会 2024/11/27
Thermus thermophilus 16S rRNAアンチ・シャインダルガーノ配列領域の シュードウリジン修飾と責任酵素の探索 第46回日本分子生物学会年会 2024/11/27
アーキアtRNAメチル化酵素Trm56の動力学的解析 第46回日本分子生物学会年会 2024/11/27
tRNA中の4-チオウリジンの第三の合成経路 第46回日本分子生物学会年会 2024/11/27
A novel tRNA methyltransferase that possesses an unprecedented domain composition catalyzes the 2’-O-methylation at position 6 in tRNA 29th tRNA Conference 2024/11/20
Applying hydrophilic interaction liquid chromatography without ion-pair reagents to mas spectrometric analysis of enzymatically digested RNA fragments 29th tRNA Conference 2024/11/20
Identification and characterization of tRNA (Cm6) methyltransferae from Thermococcus kodakarensis 29th tRNA Conference 2024/11/20
Detection of chemical modifications in tRNA using Mutational Profiling (MaP) 29th tRNA Conference 2024/11/20
ArcS, the second step enzyme for the archaeosine synthesis, is an exceptional tRNA-modification enzyme that can act on preQ0-nucleoside derivatives. 29th tRNA Conference 2024/11/20
コムギ無細胞系を用いたDENV複製複合体のin vitro再構成に向けたナノディスク技術の活用 第71回日本ウイルス学会学術集会 2024/11/04
Synthesis of and biochemical evaluation of non-structural polyprotein of Flaviviridae with a wheat cell-free system for reconstitution of the replication complex HCV-Flavi2024 2024/09/25
極小アーキアARMAN-2 tRNAイントロン切断酵素ε₂ EndAの触媒反応機構 第36回日本Archaea研究会 2024/07/04
アーケオシン合成におけるLys転移酵素ArcSのX線結晶構造 第36回日本Archaea研究会 2024/07/04
アーケオシン合成系第二段階目酵素・ArcSの基質RNA特異性 第36回日本Archaea研究会 2024/07/04
Thermococcus kodakarensis のtRNAの6位を2'-O-メチル化する新規tRNAメチル化酵素の発見 第36回日本Archaea研究会 2024/07/04
フラビウイルス複製複合体の再構成に向けた、活性型ポリプロテインのin vitro合成 第58回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2024/06/28
Lysine-transfer reaction by the complex of ArcS and RaSEA for archaeosine biosynthesis in tRNA 第25回日本RNA学会年会 2024/06/27
The third biosynthesis pathway of 4-thiouridine in tRNA 第25回日本RNA学会年会 2024/06/27
Recent Progress of High-Throughput Mutational Analysis for RNA Methylation 第25回日本RNA学会年会 2024/06/26
次世代シーケンスを用いたRNA修飾の検出とその応用 遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」 2024/01/23
Thermus thermophilus 16S rRNAアンチ・シャインダルガーノ配列領域の 2つのシュードウリジン修飾の責任酵素の探索 第46回日本分子生物学会年会 2023/12/07
Characterization of tRNA methyltransferase Trm14 from a hyper-thermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis 第46回日本分子生物学会年会 2023/12/07
Thermus thermophilus transfer-messenger RNAにシュードウリジンは存在するのか？ 第46回日本分子生物学会年会 2023/12/07
Biochemical analyses of Lys transfer reaction by ArcS-RaSEA complex 第46回日本分子生物学会年会 2023/12/06
High-throughput analysis/screening of methyltransferase ribozymes by mutational profiling The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023/11/02
ROCKET: a Python tool for enhanced in vitro transcription of short RNAs The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023/11/01
Regulatory Factors for tRNA modifications in Thermus thermophilus International Workshop on Neotechnologies for ThermusQ initiative 2023/10/27
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの 複製複合体再構成に向けた生化学的評価 第70回日本ウイルス学会学術集会 2023/09/26
Rational design of oligonucleotides in template DNA construction for in vitro RNA transcription 24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023/07/05
Lysine-transfer reaction by the complex of ArcS and RaSEA for archaeosine biosynthesis in tRNA 24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023/07/05
Prediction of in vivo tRNA Structure; Mutational Profiling and Its Applications SPEED×Bottom-up Biotech×ELSI joint workshop 2023/07/03
第3のtRNA 4-チオウリジン合成経路をThermoplasma acidophilumは持つ 第35回日本Archaea研究会 2023/06/30
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインNS1-5の複製複合体再構成に向けた生化学的評価 第57回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2023/06
ArcS-RaSEA複合体によるリジン転移反応の解析 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023/05/29
tRNA の 6 位を 2’-O-メチル化する新規 tRNA メチル化酵素の発見 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023/05/28
Transfer RNA の構造予測法の開発とその応用 第64回 日本生化学会 中国・四国支部例会 2023/05/28
化学発光を利用したs4U含有RNAの検出法の応用例 第45回日本分子生物学会年会 2022/11/30
Synthesis of DENV polyprotein using a wheat cell-free system and evaluation of the enzyme activities for reconstitution of the replication complex 第69回日本ウイルス学会学術集会 2022/11/13
Detection of 4-thiouridine-containing RNAs using chemiluminescence 第23回日本RNA学会年会 2022/07/21
Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine- N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex) 第23回日本RNA学会年会 2022/07/21
Mutational Profiling Reveals The tRNA Recognition Mechanism of tRNA m1A Methyltransferase (TrmK) 第23回日本RNA学会年会 2022/07/20
tRNA structure-seq provides accurate in vivo tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress Pacific Basin Societies 2021 2021/12/20
Nucleotide-level resolution of RNA folding interactions within peptide-based complex coacervates. AbGradCon 2021 online 2021/09/14
tRNA Structure-seq provides accurate tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress RNAclub at Pennsylvania State University 2021 2021/07/17
Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) recognizes the location of methylation site (G18) in the D-loop for the selection of substrate tRNA 第22回日本RNA学会年会 2021/07/07
tRNA Structure-seq provides accurate tRNA structures and reveals structural dynamics under heat stress 第22回日本RNA学会年会 2021/07/07
Nucleotide-level resolution of RNA folding interactions within peptide-based complex coacervates. Goldschmidt 2021 Virtual 2021/07
tRNA Structure-seq Provides Accurate tRNA Structures and Reveals Structural Dynamics under Heat Stress RNA2021 2021/06
大腸菌tRNA (Gm18) メチル化酵素（TrmH）の基質tRNA選択システム 第42回日本分子生物学会年会 2019/12/03
Cellular conditions of chelated magnesium promote RNA folding and functions Chembio seminar 2019 2019/11
Cellular conditions of chelated magnesium promote RNA folding and functions. RNAclub at Pennsylvania State University 2019 2019/11
Effects of cellular concentrations of nucleotide diphosphate-chelated Mg2+ on RNA and DNA enzymes Rustbelt RNA meeting 2019 2019/10/25
Successful design of highly active HDV ribozymes by a combined computational and experimental study RNA 2019 2019/06
Long and branced polyamines are required for maintenance of 70S ribosome, tRNAHis, and tRNATyr in Thermus thermophilus 27th tRNA Conference 2018/09/24
大腸菌tRNA (Gm18) メチル化酵素（TrmH)の基質tRNA選択システム 第20回日本RNA学会年会 2018/07/09
高度好熱菌の長鎖・分岐鎖ポリアミンは、高温環境下でのリボソーム、tRNAHis、tRNATyrの維持に必要である 第20回日本RNA学会年会 2018/07/09
Thermus thermophilusの長鎖・分岐鎖ポリアミンは、高温環境下でのリボソーム、tRNAHis、tRNATyrの維持に必要である 日本ポリアミン学会第９回年会 2018/01/20
大腸菌tRNA(Gm18)メチル化酵素(TrmH)のX線結晶構造とその基質tRNA選択システム 第１９回日本RNA学会年会 2017/07/19
高度好熱菌Thermus thermophilusの長鎖・分岐鎖ポリアミンは主に高温環境下でのリボソームの維持に必要である 第39回日本分子生物学会年会 2016/12/02
tRNA(Gm18)メチル化酵素(TrmH)のX線結晶構造とその基質tRNA認識機構 第39回日本分子生物学会年会 2016/11/30
Surprising effects of chelated metal ion on RNA folding Rustbelt RNA meeting 2016 2016/10/14
The long and branched polyamines of Thermus thermophilus, an extremely thermophilic eubacterium, are required for maintenance of ribosome at high temperatures Extremophiles 2016 2016/09/12
The folate-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO) relates to the adaptation at low-temperature environment and regulates methyl group metabolism in Thermus thermophilus Thermophiles 2015 2015/08/30
Relationship between tRNA methyltransferase and DNA synthesis in Thermophilic bacteria アーキア研究会2015 2015/07/23
高度好熱菌Thermus thermophilesポリアミン合成系は転写・翻訳系に作用するか 第１７回日本RNA学会年会 2015/07/15
Are modified nucleosides in tRNA responsible for D20 formation of Thermus thermophilus? 第３７回日本分子生物学会年会 2014/11/25
固相化DNAプローブ法を用いた好熱菌tRNAの大量精製法の確立と新しいDNA固定化法の開発 第１５回極限環境生物学会 2014/11/01
高度好熱菌Thermus thermophilusにおけるtRNA修飾ネットワーク上から見た葉酸依存性RNAメチル化酵素TrmFOの存在意義 第１５回極限環境生物学会 2014/11/01
真正細菌Thermus thermophilusのD20形成における、tRNA上の他の修飾ヌクレオチドの関わりは？ 第４回モデル生物丸ごと一匹学会・第１３回丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 2014/09/27
How does the folate dependent tRNA (m5U54) methyltransferase (TrmFO) recognize substrate tRNA? 25th tRNA conference 2014/09/21
Topological knot tRNA methyltransferase (TrmH) discriminates substrate tRNA from non-substrate tRNA by a multistep recognition mechanism 25th tRNA conference 2014/09/21
Alteration of solid-phase DNA probe method for large-scale tRNA purification 25th tRNA conference 2014/09/21
葉酸依存性RNAメチル化酵素TrmFOの遺伝学的解析 第１６回日本RNA学会 2014/07/23
固相化DNAプローブ法を用いたtRNAの大量精製法の確立 第１６回日本RNA学会 2014/07/23
トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素（TrmH）の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別 第１６回日本RNA学会 2014/07/23
サーマス・サーモフィラス由来tRNA メチル化酵素TrmFOの基質認識機構 第１４回日本RNA学会年会 2014/07/16
Alteration of solid-phase DNA probe method for large-scale tRNA purification 第３６回日本分子生物学会年会 2013/12/03
Does D20 formation by eubacterial dihydrouridine synthase require the other modified nucleotides for its modification in tRNA? 第３回モデル生物丸ごと一匹学会年会 2013/09/20
X-ray crystal structure of the fourth type of tRNA splicing endonuclease from an uncultivated archaeon Candidatus Micrarchaeum acidiphilum (ARMAN-2) Thermophiles 2013/09/08
葉酸依存性tRNA(m5U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか? 第１５回日本RNA学会年会 2013/07/24
極小アーキア(古細菌）における4番目のタイプtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼのX線結晶構造 第１３回蛋白質科学会 2013/06/12
Substrate transfer RNA recognition mechanism of tRNA (m5U54) methyltransferase (TrmFO) based on the biochemical and structural analysis 第２回モデル生物丸ごと一匹学会 2012/09/28
Structural insight into the evolution and broad substrate specificity of the fourth type of tRNA splicing endonuclease 9th Extremophiles 2012 2012/09/09
Transfer RNA recognition mechanism of Thermus thermophilus folate/FAD-dependent tRNA methyltransferase (TrmFO) 9th Extremophiles 2012 2012/09/09
極小アーキアにおけるtRNAスプライシングエンドヌクレアーゼの構造機能解析 第２５回日本アーキア研究会 2012/07/16
Thermus thermophilus transfer-messenger RNAにおけるシュードウリジン修飾に関する研究 第47回日本分子生物学会年会 2011/11/27
サーマス・サーモフィラス由来葉酸依存性tRNA (m5U54) メチル化酵素の基質認識機構 第３４回日本分子生物学会年会 2011/09/12
Relationship between 5-methyluridine modification at position 54 in tRNA and tRNA modification network in Thermus thermophiles Thermophiles 2011 2011/09/12
Substrate tRNA recognition mechanism of FAD/folate-dependet tRNA m5U54 methyltransferase TrmFO 16th Annual Meeting of RNA Society 2011/06/16
葉酸依存性tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識メカニズム解明に向けて 第３３回日本分子生物学会年会・第８３回日本生化学会大会合同大会（BMB2010） 2010/12/17
Research for enzymatic reaction mechanism of FAD/Folate dependent tRNA m5U54 methyltransferase TrmFO International Symposium of Protein Island in Matsuyama 2010 2010/09
葉酸依存性tRNAU54メチル化酵素TrmFOのin vitroアッセイ法の確立 第９回高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携会議 2010/08/21
- 研究会・報告書
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 特許
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 作品
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 補助金・競争的資金
- tRNA修飾ネットワークによるtRNAの修飾制御機構の解明 研究奨励金 2025/01-2026/04
細胞内RNAの存在量は、細胞種特異的に制御されているが、その制御機構は未解明である。本研究では、tRNAの質的変動を検出する手法を開発し、tRNA発現量の制御機構を明らかにする。 2024年度 内藤記念科学奨励金・研究助成 2024/12-2026/09
tRNA修飾ヌクレオシドの定量を可能とする新規tRNAシーケンス法の開発とその応用 基礎科学研究助成 2024/11-2026/11
科学研究費助成事業 これまでにないドメイン構成やサブユニットをもつアーキアtRNA修飾酵素の研究 基盤研究(C) 2024/04-2027/03
一般研究助成 これまでにないドメイン構成をもつ新規RNAメチル化酵素（TrmTS）による tRNAの安定性制御機構の解明 2024/04-2026/03
2023年度 野口遵研究助成金 RNAの構造によるエピトランスクリプトーム制御機構の解明 2024/04-2025/03
研究開発助成 細胞癌化に伴う細胞内tRNAの質的変動解析と診断マーカーへの応用 2023/12-2025/03
核酸触媒を利用した金属イオンセンサーの開発 研究助成 2023/10-2024/09
ストレス応答に伴う細胞内tRNAの質的変動を新たな手法で解明する ライフサイエンス研究助成 2023/08-2028/03
科学研究費助成事業 若手研究 tRNA修飾酵素の新規標的RNAを効率的に同定する技術開発とその応用 若手研究 2022/04-2025/03
戦略的創造研究推進事業ACT-X 細胞内で機能する新規核酸触媒の開発 2021/10-2024/03
研究活性化事業スタートアップ支援 変異プロファイリングを用いたtRNA-RNA修飾酵素の相互作用解析法の開発 愛媛大学 研究活性化事業スタートアップ支援 2021/10-2022/03
研究助成 核酸触媒を安全に細胞内で機能させるシステムの開発 2021/09-2023/08
科学研究費助成事業 研究活動スタート支援 変異プロファイリング法を用いたRNA-タンパク質相互作用解析法の開発 研究活動スタート支援 2021/08-2023/03 本研究は、次世代シーケンサーを用いたRNAの網羅解析法を開発し、RNAの配列・構造とRNA成熟化酵素の相互作用を詳細に解析することで、RNAによる遺伝子の発現制御メカニズムの一端を明らかにしようとするものです。近年の研究より、RNAの配列や構造因子は、多くの遺伝子の発現を調節することが明らかになっています。その一方で、RNAは、転写後にプロセシングやRNA修飾などの様々な成熟過程を経て、その機能性を獲得します。しかしながら、RNAの配列と構造がどのようにしてRNA成熟化酵素と相互作用し、どのようにRNA成熟化機構の制御に関わるのか、そのメカニズムは、未解明です。そこで、本研究では、RNA修飾酵素やプロセシング酵素と基質RNAとの相互作用をハイスループットに解析する技術を開発します。本技術によって、RNAの配列や構造を介したRNA成熟化反応の制御機構とそれによる遺伝子発現調節機構を探ります。2021年度は、以下の成果が得られました。 （１）RNAータンパク質の相互作用を一塩基の分解能で検出するハイスループットtRNAシーケンス法を開発しました。 （２）tRNAメチル化酵素の遺伝子発現系を構築し、tRNAメチル化酵素の精製方法を確立しました。 （３）本研究で開発した技術を用いて、２４０種の変異tRNAを一挙に解析し、tRNAメチル化酵素がどのようにして、基質tRNAを認識しているのかを明らかにしました。
海外特別研究員 細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用 2019/04-2021/03
リサーチフェローシップ 細胞内RNAフォールディング機構の解明 2017/01-2017/12
特別研究員奨励費 葉酸依存性メチル化酵素群の機能と生理的意義の解明 2014/04-2016/03 競争的資金
- その他
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2024年12月23日更新
- 専門分野・研究分野
- ナノテク・材料 / 生体化学
ライフサイエンス / 分子生物学 / 分子生物学、生化学
ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 機能生物化学
ライフサイエンス / 生物物理学 - 所属学会・所属協会
- 日本分子生物学会
日本RNA学会
RNA society - 委員歴・役員歴
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
- 受賞
- 2023/05 第64回日本生化学会中国四国支部例会 若手優秀発表賞
2022/11 愛媛大学生物科学奨励賞
2021/06 RNA2021 NSF Award
2019/06 RNA2019 Travel award
2017/01 海外留学助成リサーチフェローシップ
2013/04 那須奨学賞 - 活動
- 研究者総覧に該当データはありませんでした。
2024年12月22日更新
2024年12月21日更新
Ｊグローバル
- Jグローバル最終確認日
- 2024/12/21 01:17
- 氏名（漢字）
- 山上 龍太
- 氏名（フリガナ）
- ヤマガミ リョウタ
- 氏名（英字）
- Yamagami Ryota
- 所属機関
- 愛媛大学 特任講師
リサーチマップ
- researchmap最終確認日
- 2024/12/22 04:00
- 氏名（漢字）
- 山上 龍太
- 氏名（フリガナ）
- ヤマガミ リョウタ
- 氏名（英字）
- Yamagami Ryota
- プロフィール
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 登録日時
- 2016/8/6 22:42
- 更新日時
- 2024/12/18 13:03
- アバター画像URI
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- ハンドル
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- eメール
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- eメール（その他）
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 携帯メール
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 性別
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 没年月日
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 所属ID
- 0352000000
- 所属
- 愛媛大学
- 部署
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 職名
- 特任講師
- 学位
- 博士(工学)
- 学位授与機関
- 愛媛大学
- URL
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 科研費研究者番号
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- Google Analytics ID
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- ORCID ID
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属ID
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属名
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属 部署
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他の所属 職名
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 最近のエントリー
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- Read会員ID
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 経歴
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 受賞
- Misc
- 論文
- 講演・口頭発表等
- 書籍等出版物
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 研究キーワード
- 研究分野
- 所属学協会
- 担当経験のある科目
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- その他
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- Works
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 特許
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 学歴
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 委員歴
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
- 社会貢献活動
- リサーチマップAPIで取得できませんでした。
更新
- 研究者番号
- KAKEN APIで取得できませんでした。
- 所属（現在）
- KAKEN APIで取得できませんでした。
- 所属（過去の研究課題
情報に基づく）*注記 - KAKEN APIで取得できませんでした。
- 審査区分/研究分野
- KAKEN APIで取得できませんでした。
- キーワード
- KAKEN APIで取得できませんでした。
研究課題
研究成果
共同研究者
注目研究はありません。