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海洋における現場観測と生態系モデリングという二つの研究手法を組み合わせながら、海洋生態系や生物地球化学的な物質循環について研究しています。最近では、我が国の沿岸域の代表ともいえる瀬戸内海を主な対象として、栄養塩・植物プランクトン・動物プランクトンなどを包括した低次生態系の時空間変動を共同研究期間と共にモニタリングしています。そして、それらを生態系モデルにより精緻に再現し、気候変動に伴う水温上昇や栄養塩濃度変動など様々な海洋環境の変化に対する生態系の応答機構について解析しています。具体的には、現在進行中の気候変動に伴う水温の時空間変化が藻場分布や低次生態系に及ばす影響、近年日本沿岸で多発し養殖業へ大きな被害をもたらすKarenia. mikimotoi赤潮の発生・終息機構、栄養塩が陸域・海底・外洋域をから供給される瀬戸内海の複雑な栄養塩循環機構、瀬戸内海の栄養塩変動が低次生態系およびそれらを餌料とする水産資源に及ぼす影響、豊後水道のような沿岸域と外洋域の境界領域における沿岸-外洋間の物質循環機構などを明らかにすることを目指しています。